Однако Фауст не слушает его. В одной из теней он угадывает Маргариту. Он видит ее заточенной в темнице, со страшным кровавым рубцом на шее, и холодеет. Бросаясь к дьяволу, он требует спасти девушку. Тот возражает: разве не сам Фауст явился ее соблазнителем и палачом? Герой не желает медлить. Мефистофель обещает ему наконец усыпить стражников и проникнуть в тюрьму. Вскочив на коней, двое заговорщиков несутся назад в город. Их сопровождают ведьмы, чующие скорую смерть на эшафоте.
Последнее свидание Фауста и Маргариты — одна из самых трагических и проникновенных страниц мировой поэзии.
Испившая все беспредельное унижение публичного позора и страдания от совершенных ею грехов, Маргарита лишилась рассудка. Простоволосая, босая, она поет в заточении детские песенки и вздрагивает от каждого шороха. При появлении Фауста она не узнает его и съеживается на подстилке. Он в отчаянье слушает ее безумные речи. Она лепечет что-то о загубленном младенце, умоляет не вести ее под топор. Фауст бросается перед девушкой на колени, зовет ее по имени, разбивает ее цепи. Наконец она сознает, что перед нею Друг. «Ушам поверить я не смею, где он? Скорей к нему на шею! Скорей, скорей к нему на грудь! Сквозь мрак темницы неутешный, сквозь пламя адской тьмы кромешной, и улюлюканье и вой…»
Она не верит своему счастью, тому, что спасена. Фауст лихорадочно торопит ее покинуть темницу и бежать. Но Маргарита медлит, жалобно просит приласкать ее, упрекает, что он отвык от нее, «разучился целоваться»… Фауст снова теребит ее и заклинает поспешить. Тогда девушка вдруг начинает вспоминать о своих смертных грехах — и безыскусная простота ее слов заставляет Фауста холодеть от ужасного предчувствия. «Усыпила я до смерти мать, дочь свою утопила в пруду. Бог думал ее нам на счастье дать, а дал на беду». Прерывая возражения Фауста, Маргарита переходит к последнему завету. Он, ее желанный, должен обязательно остаться в живых, чтобы выкопать «лопатой три ямы на склоне дня: для матери, для брата и третью для меня. Мою копай сторонкой, невдалеке клади и приложи ребенка тесней к моей груди». Маргариту опять начинают преследовать образы погибших по ее вине — ей мерещится дрожащий младенец, которого она утопила, сонная мать на пригорке… Она говорит Фаусту, что нет хуже участи, чем «шататься с совестью больной», и отказывается покинуть темницу. Фауст порывается остаться с нею, но девушка гонит его. Появившийся в дверях Мефистофель торопит Фауста. Они покидают тюрьму, оставляя Маргариту одну. Перед уходом Мефистофель бросает, что Маргарита осуждена на муки как грешница. Однако голос свыше поправляет его: «Спасена». Предпочтя мученическую смерть, Божий суд и искреннее раскаяние побегу, девушка спасла свою душу. Она отказалась от услуг дьявола.
В начале второй части мы застаем Фауста, забывшегося на зеленом лугу в тревожном сне. Летучие лесные духи дарят покой и забвение его истерзанной угрызениями совести душе. Через некоторое время он просыпается исцеленный, наблюдая восход солнца. Его первые слова обращены к ослепительному светилу. Теперь Фауст понимает, что несоразмерность цели возможностям человека может уничтожить, как солнце, если смотреть на него в упор. Ему милей образ радуги, «которая игрою семицветной изменчивость возводит в постоянство». Обретя новые силы в единении с прекрасной природой, герой продолжает восхождение по крутой спирали опыта.
На этот раз Мефистофель приводит Фауста к императорскому двору. В государстве, куда они попали, царит разлад по причине оскудения казны. Никто не знает, как поправить дело, кроме Мефистофеля, выдавшего себя за шута. Искуситель развивает план пополнения денежных запасов, который вскоре блестяще реализует. Он пускает в обращение ценные бумаги, залогом которых объявлено содержание земных недр. Дьявол уверяет, что в земле множество золота, которое рано или поздно будет найдено, и это покроет стоимость бумаг. Одураченное население охотно покупает акции, «и деньги потекли из кошелька к виноторговцу, в лавку мясника. Полмира запило, и у портного другая половина шьет обновы». Понятно, что горькие плоды аферы рано или поздно скажутся, но пока при дворе царит эйфория, устраивается бал, а Фауст как один из чародеев пользуется невиданным почетом.
Мефистофель вручает ему волшебный ключ, дающий возможность проникнуть в мир языческих богов и героев. Фауст приводит на бал к императору Париса и Елену, олицетворяющих мужскую и женскую красоту. Когда Елена появляется в зале, некоторые из присутствующих дам делают в ее адрес критические замечания. «Стройна, крупна. А голова — мала… Нога несоразмерно тяжела…» Однако Фауст всем существом чувствует, что перед ним заветный в своем совершенстве духовный и эстетический идеал. Слепящую красоту Елены он сравнивает с хлынувшим потоком сиянья. «Как мир мне дорог, как впервые полон, влекущ, доподлинен, неизглаголан!» Однако его стремление удержать Елену не дает результата. Образ расплывается и исчезает, раздается взрыв, Фауст падает наземь.