Сначала они не собираются истреблять пиратов, желая предоставить им возможность вести мирную жизнь. Но оказывается, что разбойники на это не способны. Они начинают грабить и жечь хозяйство поселенцев. Айртон отправляется в кораль проведать животных. Пираты хватают его и относят в пещеру, где пытками хотят добиться от него согласия перейти на их сторону. Айртон не сдается. Его друзья идут ему на помощь, однако в корале Герберта серьезно ранят, и друзья остаются в нем, не имея возможности двинуться в обратный путь с находящимся при смерти юношей. Через несколько дней они все же отправляются в Гранитный дворец. В результате перехода у Герберта начинается злокачественная лихорадка, он находится при смерти. В очередной раз в их жизнь вмешивается провидение и рука их доброго таинственного друга подбрасывает им необходимое лекарство. Герберт полностью выздоравливает. Поселенцы намерены нанести окончательный удар по пиратам. Они идут в кораль, где предполагают их найти, но находят там измученного и еле живого Айртона, а неподалеку — трупы разбойников. Айртон сообщает, что не знает, как оказался в корале, кто перенес его из пещеры и убил пиратов. Однако он сообщает одно печальное известие. Неделю назад бандиты вышли в море, но, не умея управлять ботом, разбили его о прибрежные рифы. Поездку на Табор приходится отложить до постройки нового средства передвижения. В течение следующих семи месяцев таинственный незнакомец никак не дает о себе знать. Тем временем на острове просыпается вулкан, который колонисты считали уже умершим. Они строят новый большой корабль, который в случае необходимости мог бы доставить их до обитаемой земли.
Однажды вечером, уже готовясь ложиться спать, обитатели Гранитного дворца слышат звонок. Срабатывает телеграф, который они провели от кораля до своего дома. Их срочно вызывают в кораль. Там они находят записку с просьбой идти вдоль дополнительного провода. Кабель приводит их в огромный грот, где они, к своему изумлению, видят подводную лодку. В ней они знакомятся с ее хозяином и своим покровителем, капитаном Немо, индийским принцем Даккаром, всю жизнь боровшимся за независимость своей родины. Он, уже шестидесятилетний старик, похоронивший всех своих соратников, находится при смерти. Немо дарит новым друзьям ларец с драгоценностями и предупреждает, что при извержении вулкана остров (такова его структура) взорвется. Он умирает, поселенцы задраивают люки лодки и спускают ее под воду, а сами целыми днями без устали строят новый корабль. Однако не успевают его закончить. Все живое гибнет во время взрыва острова, от которого остается лишь небольшой риф в океане. Поселенцев, ночевавших в палатке на берегу, воздушной волной отбрасывает в море. Все они, за сиключением Юпа, остаются в живых. Больше десяти дней они сидят на рифе, почти умирая от голода и уже ни на что не надеясь. Вдруг они видят корабль. Это «Дункан». Он спасает всех. Как потом обнаруживается, капитан Немо, когда еще бот был в сохранности, сплавал на нем на Табор и оставил спасателям записку.
Вернувшись в Америку, на драгоценности, подаренные капитаном Немо, друзья покупают большой участок земли и живут на нем так же, как жили на острове Линкольна.
29 января 1873 г. шхуна-бриг «Пилигрим», оснащенная для китобойного промысла, выходит в плавание из порта Оклеанда, Новой Зеландии. На борту находятся отважный и опытный капитан Гуль, пять бывалых матросов, пятнадцатилетний младший матрос — сирота Дик Сенд, судовой кок Негоро, а также жена владельца «Пилигрима» Джемса Уэлдона — миссис уэлдон с пятилетним сыном Джеком, ее чудаковатый родственник, которого все называют «кузен Бенедикт», и старая нянька негритянка Нун. Парусник держит путь в Сан-Франциско с заходом в Вальпараисо. Через несколько дней плавания маленький Джек замечает в океане опрокинутое на бок судно «Вальдек» с пробоиной на носу. В нем матросы обнаруживают пять истощенных негров и собаку по кличке Динго. Оказывается, что негры: Том, шестидесятилетний старик, его сын Бат, Остин, Актеон и Геркулес — свободные граждане США. Завершив работу по контракту на плантации в Новой Зеландии, они возвращались в Америку. После столкновения «Вальдека» с другим судном все члены экипажа и капитан исчезли и они остались одни. Их переправляют на борт «Пилигрима», и через несколько дней внимательного ухода за ними они полностью восстанавливают свои силы. Динго, по их словам, капитан «Вальдека» подобрал у берегов Африки. При виде Негоро собака по непонятной причине начинает свирепо рычать и выражает готовность на него наброситься. Негоро предпочитает не показываться на глаза собаке, которая, по всей видимости, его узнала.