В Лондон приезжает отец Софьи, мистер Вестерн. Он находит дочь и объявляет ей, что, до тех пор пока не приедут Олверти и Блайфил, девушка будет сидеть под домашним арестом и ждать свадьбы. Леди Белластон, решив отомстить Тому, показывает Софье его письмо с предложением руки и сердца. Вскоре девушка узнает о том, что Том обвиняется в убийстве и находится в тюрьме. Приезжает Олверти с племянником и останавливается у миссис Миллер. Олверти — ее давний благодетель, он неизменно помогал бедной женщине, когда у нее умер муж и она осталась без средств с двумя малолетними детьми на руках. Узнав о том, что Том — приемный сын сквайра, миссис Миллер рассказывает ему о благородстве молодого человека. Но Олверти по-прежнему верит клевете, и похвалы, расточаемые Тому, не трогают его.
Найтингейл, миссис Миллер и Партридж часто навещают Тома в тюрьме. Вскоре к нему приходит та самая миссис Вотерс, случайная связь с которой привела к размолвке с Софьей. После того как Том покинул Элтон, миссис Вотерс познакомилась там с Фитцпатриком, стала его любовницей и уехала вместе с ним. Узнав от Фитцпатрика о его недавнем столкновении с Томом, она поспешила навестить несчастного узника. Том с облегчением узнает, что Фитцпатрик цел и невредим. Партридж, который также пришел навестить Тома, сообщает ему, что женщина, которая называет себя миссис Вотерс, на самом деле — Дженни Джонс, родная мать Тома. Том в ужасе: он согрешил с собственной матерью. Партридж, который никогда не умел держать язык за зубами, рассказывает об этом Олверти, и тот немедля вызывает миссис Вотерс к себе. Представ перед своим бывшим хозяином и узнав от него, что Том — тот самый младенец, которого она подкинула в дом сквайра, Дженни наконец решается рассказать Олверти обо всем, что ей известно. Оказывается, что ни она, ни Партридж непричастны к рождению ребенка. Отец Тома — сын друга Олверти, который когда-то прожил в доме сквайра год и умер от оспы, а мать — не кто иная, как родная сестра сквайра, Бриджет. Боясь осуждения брата, Бриджет скрыла от него, что родила ребенка, и за крупное вознаграждение уговорила Дженни подкинуть мальчика в их дом. Старый слуга Олверти, услышав, что сквайр узнал всю правду, признается хозяину, что Бриджет на смертном одре открыла ему свою тайну и написала брату письмо, которое он вручил мистеру Блайфилу, ибо Олверти в тот момент был без сознания. Только теперь Олверти догадывается о коварстве Блайфила, который, желая прибрать к рукам состояние сквайра, скрыл от него, что они с Томом — родные братья.
Вскоре Олверти получает письмо от бывшего учителя мальчика, философа Сквейра. В нем он сообщает сквайру о том, что лежит при смерти и считает своим долгом сказать ему всю правду. Сквейр, который никогда не любил Тома, искренне раскаивается: он знал, что Блайфил оклеветал Тома, но, вместо того чтобы разоблачить Блайфила, предпочел промолчать. Олверти узнает, что один Том был безутешен, когда сквайр был между жизнью и смертью, а причиной столь неумеренной радости юноши было как раз выздоровление его названого отца.
Олверти, узнав всю правду о своем племяннике, искренне раскаивается во всем, что произошло, и проклинает неблагодарного Блайфила. Поскольку Фитцпатрик не предъявил Тому никаких обвинений, его освобождают из тюрьмы. Олверти просит прощения у Тома, но благородный Том ни в чем не винит сквайра,
Найтингейл рассказывает Софье о том, что Том и не собирался жениться на леди Белластон, поскольку это он, Найтингейл, подговорил Тома написать ей то письмо, которое она видела. Том является к Софье и вновь проситее руки. Сквайр Вестерн, узнав о намерении Олверти сделать Тома своим наследником, с радостью дает свое согласие на их брак. Влюбленные после свадьбы уезжают в деревню и счастливо живут вдали от городской суеты.
Лоренс Стерн (Laurens Steme) [1713–1768]
В начале повествования рассказчик предупреждает читателя, что в своих заметках не будет придерживаться никаких правил создания литературного произведения, не будет соблюдать законы жанра и придерживаться хронологии.