Вскоре Швейку приходит повестка идти на войну, но в этот момент у него как раз приступ ревматизма, поэтому он едет на призывной пункт в инвалидной коляске. Газеты пишут об этом, как о проявлении патриотизма, но врачи признают его симулянтом и отправляют в больничный барак при гарнизонной тюрьме, где пытаются сделать годными к военной службе тех, кто по причине слабого здоровья к ней абсолютно не годен. Их подвергают там суровым пыткам: морят голодом, заворачивают в мокрую простыню, ставят клистир и т. д. Во время пребывания Швейка в лазарете его посещает баронесса фон Боценгейм, которая из газет узнала о патриотическом подвиге «der brave Soldat». Обитатели барака быстро расправляются со снедью, принесенной баронессой, но главврач Грюнштейн воспринимает это как свидетельство их полного здоровья и отправляет всех на фронт. Швейк же за пререкания с медкомиссией попадает в гарнизонную тюрьму.
Там сидят те, кто совершил незначительные преступления, чтобы избежать отправки на фронт, те, кто успел на фронте провороваться, а также солдаты — за преступления чисто воинского характера. Особую группу составляют политические заключенные, большей частью ни в чем не повинные.
Единственным развлечением в тюрьме служит посещение тюремной церкви, службы в которой проводит фельдкурат Отто Кац, крещеный еврей, известный своими попойками и пристрастием к женскому полу. Он перемежает проповедь бранными словами и богохульствами, но растроганный Швейк вдруг начинает рыдать, чем привлекает внимание фельдкурата. Тот ходатайствует за Швейка перед знакомым следователем, и Швейк попадает к нему в денщики. Они живут душа в душу, Швейк неоднократно выручает фельдкурата, но тем не менее через некоторое время Отто Кац проигрывает Швейка в карты поручику Аукашу, типичному кадровому офицеру, не боящемуся начальства и заботящемуся о солдатах. Однако денщиков он в отличие от солдат ненавидит, считая их существами низшего порядка. Тем не менее Швейку удается завоевать доверие Лукаша, хотя однажды, в отсутствие поручика, его любимая кошка съедает его любимую канарейку. В разговоре с поручиком Швейк проявляет осведомленность по части собак, и Лукаш поручает ему добыть пинчера.
Швейк обращается за помощью к своему старому приятелю Благнику, имеющему большой опыт по части кражи собак, и тот присматривает подходящий экземпляр — пинчера, принадлежащего полковнику Фридриху Краусу фон Цидлергуту, командиру полка, где служит поручик Лукаш. Швейк быстро приручает собаку, и поручик Лукаш идет с ней гулять. Во время прогулки он сталкивается с полковником, который славится своим злопамятством. Полковник узнает своего пса и грозит Лукашу расправой. Поручик собирается задать Швейку хорошую порку, но тот говорит, что лишь хотел доставить поручику удовольствие, и у Лукаша опускаются руки. Наутро Лукаш получает приказ полковника отправиться в Будейовицы, в 91-й полк, который ждет отправки на фронт,
Вместе со Швейком и поручиком Лукашем в купе поезда, направляющегося в Будейовицы, едет какой-то пожилой лысый господин. Швейк исключительно вежливо сообщает поручику, сколько волос должно быть на голове нормального человека. Лысый господин взрывается от негодования. К огорчению поручика, он оказывается генерал-майором фон Шварбургом, совершающим инкогнито инспекционную поездку по гарнизонам. Генерал отчитывает поручика, и тот прогоняет Швейка из купе.
В тамбуре Швейк заводит с каким-то железнодорожником разговор об аварийном тормозе и случайно срывает его. За необоснованную остановку поезда Швейка хотят заставить платить штраф, но, поскольку денег у него нет, его просто ссаживают с поезда.
На станции какой-то сердобольный господин платит за Швейка штраф и дает ему пять крон на билет, чтобы он мог догнать свою часть, но Швейк благополучно пропивает деньги в буфете. В конце концов он вынужден идти в Будейовицы пешком, однако, перепутав дорогу, направляется в противоположную сторону. По пути он ветре"» чает старушку, которая принимает его за дезертира, однако Швейк по-прежнему искренне намеревается дойти до Будейовиц.
Но ноги сами ведут его на север. Тут-то его и встречает жандарм. В результате перекрестного допроса жандармский вахмистр подводит Швейка к тому, что он шпион. Вместе с соответствующим донесением он отправляет Швейка в Писек, а тамошний ротмистр, не разделяющий царящей в войсках шпиономании, препровождает Швейка в 91-й полк, к месту прохождения службы.
Лукаш, надеявшийся, что Швейк навсегда исчез из его жизни, пребывает в шоке. Однако выясняется, что он заблаговременно выписал ордер на арест Швейка, и того отводят на гауптвахту. В камере Швейк знакомится с вольноопределяющимся Мареком, который рассказывает о своих злоключениях, в частности о том, как пытался избавиться от воинской службы. Он ждет страшного наказания, но полковник Шредер приговаривает его к вечной ссылке на кухню, что означает для Марека освобождение от фронта. Швейку же полковник приказывает через трое суток гауптвахты вновь поступить в распоряжение поручика Лукаша.