Не всем ученым повезло так, как Лагранжу. Гильотина опустилась на головы не только тех, кто защищал старые идеи, но и некоторых революционеров. 1794 год унес жизни Кондорсе, Байи и Лавуазье. Первый из этих трех — Кондорсе, постоянный секретарь Академии — стал жертвой революции и реформ, которых он искренне желал. Какое-то время он скрывался, но его арестовали, записав в ряды жирондистов. Кондорсе, несокрушимо веривший в человеческий прогресс, провел свои последние дни в тюрьме. Здесь же 24 марта он покончил жизнь самоубийством, чтобы избежать гильотины.
Второй, Жан Сильвен Байи, президент Генеральных штатов и первый мэр Парижа, был осужден за сообщничество с монархистами. Этот астроном, работавший в Парижской обсерватории, был близким другом Лапласа, с которым сотрудничал в проектах по реформированию парижских больниц.
Желая спрятаться, Байи покинул Париж и хотел направиться в Мелён — здесь жил ушедший на пенсию Лаплас, и этот город выглядел как вполне надежное укрытие. Мадам Лаплас пыталась отговорить Байи от этого, намекая в своем письме, что в Мелёне ученого могут ждать опасности. Однако несмотря ни на что Байи появился в доме Лапласа. Несколькими днями позже его узнал солдат-революционер. Ученого арестовали, отконвоировали в Париж и приговорили там к смерти.
Лавуазье был обезглавлен 8 мая 1794 года. До революции 1789 года он занимал должность откупщика королевства — в каком-то смысле главного сборщика налогов, и вызывал этим на себя большую часть народной ненависти. Он был одним из заметных представителей старого режима (да и довольно богатым человеком) и, несмотря на свои либеральные взгляды, приверженность реформам и симпатию к революции, погиб, как все откупщики, когда якобинцы пришли к власти.
Лаплас избежал участи своих коллег-академиков. В глазах якобинцев он выражал недостаточно республиканского пыла, но при ликвидации Академии был всего лишь исключен из Комиссии мер и весов и назначен на должность экзаменатора артиллерийских войск. Проявив осмотрительность и благоразумие, Лаплас уехал в Мелён, находящийся в 50 километрах на юго-восток от Парижа, где устроился с женой и двумя детьми. Он боялся действий таких радикалов, как Марат, и таких агитаторов, как Бриссо, не способных оценить ученого, который не мог отдаться революции всей душой. За 12 лет до этого, в 1782 году, жестокая полемика свела двоих исследователей.
Марат, врач по образованию, проводил исследования, касающиеся света, и представил на эту тему Академии наук многочисленные работы. Однако теории и оптические эксперименты Марата шокировали академиков, включая Лапласа: как этот выскочка посмел выступить против великого Ньютона? Бриссо, который стал руководителем жирондистской фракции и заклятым врагом Марата, вынес дебаты из стен Академии и опубликовал памфлет в форме диалога, в котором пародировал ежедневную работу ученых и их педантизм. В нем прототипом догматика и последователя Ньютона был Лаплас: усевшись в кресле, он высокомерным жестом отмахивался от опытов многих коллег, потому что они лежали вне чисто математической области, в которой он царствовал.
С началом революции Марат припомнил эту полемику ив 1791 году написал страстный памфлет, направленный против академиков, под названием «Современные шарлатаны», в котором неистово ругал Лапласа, а еще больше — Лавуазье. Марат писал, что известность Лапласа держалась лишь «благодаря его прекрасной половине», явно намекая на его супругу. Марат считал, что брак Лапласа с этой красивой женщиной 20 лет, входящей в высший круг, был уловкой, позволившей ему разбогатеть и подняться по социальной лестнице. Брак Лавуазье с его молодой супругой удостоился похожих отзывов. Очень вероятно, что память о распрях между Маратом и Бриссо и подтолкнула Лапласа покинуть Париж во время Террора.