По возвращении в Англию Франклина и его неугомонной путешественницы моряк представил в Адмиралтейство тщательно разработанный план новой арктической экспедиции. Но лорды не собирались в ближайшее время отправлять туда людей. Ему предложили должность вице-губернатора Австралии, управлять Землёй Ван-Димена, позже получившей название Тасмании. Вот это был уже настоящий край света. Но супруга восприняла назначение как праздник. Отправляясь в заморские края, они взяли с собой Изабеллу, к которой отец относился с большой нежностью.
Австралия и Тасмания в ту пору были местами, куда из метрополии отправляли преступников. Отбыв срок наказания, они становились свободными гражданами и занимались фермерством. Труд их бывших собратьев использовался как рабский. Была ещё малочисленная группа чиновников и их семей, которые руководили жизнью колонии.
Франклин сразу оказался в атмосфере интриг, подсиживания и доносов. Всё это было противно прямой и открытой натуре моряка. Жители колонии с ненавистью относились к аборигенам, убивали их, как животных. Франклин не мог понять этой злобы. Он никогда не забывал, что его и товарищей по экспедиции спасли от верной гибели индейцы-аборигены. Вице-губернатор сразу дал понять, что не потерпит подобного отношения к людям. Это не понравилось, как не понравилось и то, что он настаивал на гуманном отношении к каторжникам и на помощи тем, кто отбыл наказание.
Леди Франклин поддерживала мужа. К тому же она пренебрегала многими условностями. Местных светских дам шокировало поведение «первой леди». Это послужило потом поводом обвинения Джона в том, что его жена, а не он руководила колонией, что являлось злобным наветом. Несмотря на внешнюю мягкость и добродушный характер, Джон Франклин был не из тех, кого можно держать под каблуком.
Леди Джейн наслаждалась путешествиями по неизведанным землям. Забиралась со своими спутниками в такие дебри, что приходилось прорубать себе дорогу в зарослях. Можно представить себе физиономии джентльменов, непривычных к подобным зрелищам, когда первая леди, сбросив юбку и оставшись в нижнем белье, наравне с остальными рубила лианы, преграждавшие путь.
Она первая поднялась на вершину Веллингтон, первая из женщин проделала путь из Порт-Филиппа в Сидней, посетила новое селение Мельбурн, проехав путь верхом. Побывав в Южной Австралии, она убедила губернатора, полковника Джорджа Гаулера отметить заслуги капитана Мэтью Флиндерса, сделавшего опись тамошних берегов. Капитану позже поставили памятник.
При ней Тасмания стала интеллектуальным центром колонии. Вместе с мужем Джейн основала научное Королевское общество, первое за пределами метрополии. К её добрым делам относится открытие средней школы для мальчиков и девочек, организация общества «Тасманийские леди», занимавшегося облегчением участи женщин, отбывавших каторгу. Жена вице-губернатора купила 130 акров (примерно 53 гектара) земли для ботанического сада в окрестностях будущего города Хобарта. Но иногда она чрезмерно увлекалась. Джейн стала необычайно популярной среди каторжников, когда решила избавить остров от змей. Каждому, кто приносил убитую змею, она выплачивала в награду шиллинг. Когда начальство разобралось, откуда у каторжников деньги на выпивку, муж сразу же пресёк её инициативу, и бедные пресмыкающиеся получили пощаду. К тому времени она успела истратить свыше 600 фунтов.
Интриги колониального секретаря лорда Стенли всё-таки привели к увольнению Франклина. Память о нём в Тасмании и Австралии сохранилась надолго. При нём улучшилось материальное положение обитателей, появились образовательные и культурные учреждения, пресечена коррупция. Изменилось в лучшую сторону отношение властей к свободным поселенцам и каторжникам. Немудрено, что население провожало супружескую чету с большим сожалением. В подавленном состоянии духа Франклин вернулся домой. Там он принялся за литературный труд, описав свой опыт работы в Тасмании. Книгу опубликовали в Лондоне в 1845 году.
Настроение у него поднялось, когда ему вручили приглашение прибыть в Адмиралтейство. Оказалось, что там решили вернуться к проекту отыскания Северо-Западного прохода для судов с учётом накопленных сведений. В сущности, неисследованной осталась лишь 300-мильная полоска, начиная от пролива Бэрроу. Адмиралтейству понадобились его консультации для организации экспедиции. Франклин предложил свои услуги, но лорды в Адмиралтействе колебались, им хотелось поставить во главе экспедиции человека помоложе, ведь сэру Джону было уже 58 лет. Однако все опрошенные ветераны арктических походов в один голос заверили, что это наилучшая кандидатура, к тому же Франклин находился в хорошей физической форме.