Итог этого почти двухлетнего вояжа имел для Дрейка очень важное значение. Теперь он обрел подлинную славу и стал своим при дворе королевы Елизаветы. Она была весьма довольна тем, что Дрейк ей сообщил по поводу устроения возможных колоний. Но еще более ее порадовали щедрые пожертвования короне, сделанные корсаром. Теперь он уже мог себе это позволить, поскольку стал просто баснословно богат. В окрестностях Плимута Дрейк даже приобрел себе огромное поместье; королева дополнительно презентовала его еще несколькими. А в 1581 году за особые заслуги перед британской короной Френсис Дрейк был удостоен рыцарского звания, и теперь к нему надлежало обращаться «сэр Френсис»; в том же году он был избран членом парламента Великобритании. Четырьмя годами позднее, когда он уже несколько лет управлял Плимутом в качестве мэра, Дрейк женился на юной наследнице огромного состояния, еще более упрочив свое положение. Казалось, что его морской жизни пришел конец. Но это было обманчивое впечатление!
Как знать, не пожелай королева поставить Дрейка во главе огромной эскадры, которой предстояло сокрушить испанское господство в Карибском регионе и не поручи она ему заявить о британском присутствии в Вест-Индии (это традиционное название островов Карибского моря) во умаление государственного престижа Испании, сэр Френсис мудро управлял бы Плимутом и наслаждался обществом обворожительной супруги. Но это двойное искушение было слишком велико! Дрейк сложил с себя полномочия мэра, простился с женой и отбыл.
Его эскадра насчитывала более 25 кораблей. Команда составляла 2300 человек. Этот впечатляющий демарш знаменовал собой начало военного противостояния, которое затянулось на десятки лет. Теперь у сэра Френсиса Дрейка наконец-то была заветная лицензия! Согласно этому документу он имел право вызволять из плена захваченных в результате военного конфликта с Испанией английских моряков. На деле же это подразумевало под собой захват и разграбление испанских кораблей. Королева Елизавета даже одобрила создание специального акционерного общества, которое было образовано в расчете на прибыльную добычу с вражеских галеонов.
Нельзя сказать, чтобы все складывалось удачно для Дрейка в этой экспедиции. Скорее, наоборот. Он упустил целую флотилию груженных золотом кораблей, а занимаемые им города (например, Сантьяго) не могли порадовать богатым выкупом, отчего Дрейк в ярости предавал их огню. В довершение всего на кораблях эскадры сэра Френсиса вспыхнула лихорадка, унесшая сотни жизней. Вместо ожидаемого выкупа в миллион золотых дукатов с жителей Санто-Доминго Дрейк смог выручить от силы двадцать пять тысяч. Даже с легендарной Картахены пиратам удалось собрать не более ста тысяч дукатов, хотя Дрейк всерьез угрожал сровнять город с землей. Итог экспедиции был плачевен: из всей команды выжило немногим более полутора тысяч человек, финансовые затраты не окупились. Сам сэр Френсис Дрейк потерял на этом вояже серьезные средства.
Королева не могла быть удовлетворена подобным результатом. Тем не менее она по-прежнему благоволила к Дрейку. В 1587 году она приказала ему противостоять кораблям знаменитой Испанской Армады; попутно Дрейку позволялось тряхнуть стариной. Он тряхнул, и тряхнул, признаться, знатно: его главным трофеем явился португальский барк «Сан-Фелипе», ставший добычей пиратов в районе Азорских островов; груз доставшихся им ценностей и товаров был просто огромен. Помимо этого, сэр Френсис Дрейк разработал гениальный план взятия крупного испанского порта Кадис; наряду с золотом и серебром Дрейку удалось захватить свыше тридцати судов противника. Все это вполне компенсировало неудачный итог экспедиции 1856 года. По возвращении в Англию сэр Френсис Дрейк был удостоен звания вице-адмирала и назначен королевой Елизаветой на пост главнокомандующего объединенными военно-морскими силами Великобритании. В 1589 году он командовал объединенными силами флота; под началом у него находилось свыше 150 боевых кораблей. И хотя ему удалось успешно противостоять вторжению испанцев, ситуация существенно изменилась, когда военные действия переместились на территорию Испании. Болезни, существенные потери, просчеты в стратегии – все это свело на нет первоначальные успехи англичан.