Очень скоро возникли неприятности. Их источником была серьезная чилийская эскадра, охотившаяся за пиратами. Пытаясь избежать поимки, Джон Уотлинг вел корабль Шарпа на север. 10 февраля 1681 года они вновь оказались неподалеку от порта Арика на побережье Чили. Если ранее пираты не осмелились напасть на город, то теперь все было иначе. Они так жаждали богатой добычи, что были готовы практически на все. Ф. Архенгольц сообщает, что на тот момент в «…городе этом находился гарнизон из 900 человек, к которому прибавили недавно еще 400 человек из Лимы. 300 человек защищали форт. Уотлинг оставил часть своего отряда на судах и с 92 человеками пошел к городу. Испанцы бросились к ним навстречу; произошла кровопролитная битва, которая кончилась как и всегда: флибустьеры ворвались в город, несмотря на свою малочисленность, и атаковали форт, но встретили сильный отпор. Между тем разбитые испанцы собрались снова, толпой бросились в город и напали на флибустьеров с тыла, что принудило их оставить осаду форта и начать новую битву в самом городе. Но число противников возрастало с каждой минутой, и они дрались с величайшей яростью, пират падал за пиратом, вскоре были убиты и новый предводитель их Уотлинг, и несколько корабельных чиновников, иные попались в плен». Известный историк пиратства Жан Рогожинский приводит в своей энциклопедии фрагмент испанского письменного отчета об этом происшествии: «…пираты с храбростью и свирепостью львов дрались безрассудно, с неестественным презрением к любому риску, и воспринимали смерть с облегчением».
Однако ситуация складывалась явно не в их пользу.
Ф. Архенгольц замечает далее: «Казалось, испанцы пылали только местью к жестоким врагам своей нации. Бой сделался слишком неравен, чтобы продолжаться с выгодой для пиратов, и потому они попросили Шарпа, принявшего опять начальство над ними, отступить. Это было тем нужнее, что флибустьеры умирали от жажды, притом не ели целый день и были совершенно обессилены. Шарп, не знавший опасности и возмущенный мыслью оставить в плену несколько товарищей, долго не соглашался. Не добыча, не воинская слава, не честь побуждали его к этому, но братская верность и обязательства общества, исполнению которых, однако, на этот раз природа положила препоны. Оставшиеся в живых пираты должны были подумать об отступлении. Наконец выступили из города, причем с величайшими усилиями пробивали себе путь, с потерей 28 человек – частью убитыми, частью пленными, кроме 18 опасно раненных, которых унесли с собой. Чувствительнейшей потерей были три корабельных хирурга, которые напились до того, что их никак не могли увести с собой.
Испанцы преследовали отступающего неприятеля за город, но здесь флибустьеры построились и приняли такое грозное положение, что отняли у противников всякую охоту возобновить битву. Ночью пираты сели на суда и уплыли, направляя путь свой к Никойской губе».
Но удивительное дело! Еще совсем недавно пираты не сложили свои головы единственно потому, что Бартоломью Шарп вновь принял на себя бразды правления. Казалось бы, в благодарность за содеянное капитаном, перед которым они и так были уже виновны, насильно сместив его (это притом, что корабль принадлежал Шарпу!), пираты должны были гореть желанием заслужить его прощение, проявляя себя в самом лучшем виде. Однако 26 апреля 1681 года пират по имени Джон Кук, ставший очередным негласным главарем, призвал команду не слушать приказов Шарпа, а высадиться на берег («Троица» как раз бросила якорь у побережья Эквадора), попытавшись посуху добраться до Панамского перешейка. Бартоломью Шарп им не препятствовал. После ухода недовольных (их оказалось около 50 человек) он приказал поднять якорь и двигаться на юг. По пути пираты захватывали прибрежные селения и небольшие города, нападая также на небольшие суда, которых, впрочем, им встретилось совсем немного.