Феодосий был ревностнейшим христианином и противником арианства, поэтому он задался целью во что бы то ни стало искоренить язычество и установить христианство на незыблемой основе как единую общую веру. В своем указе 380 г. он говорит о христианстве как о религии, преподанной римлянам святым Петром, и заявляет во всеобщее сведение о своем намерении установить единство веры в империи. Согласно этому намерению он собрал в Константинополе собор (381 г.), на котором 150 съехавшихся отовсюду восточных епископов установили еще раз догмат о единосущии Бога-сына с Богом-отцом, а также учение о пресвятой Троице как главную основу католической церкви (catholica ecclesia). Мирянам были воспрещены всякие богословские споры и суровые наказания наложены на всякое некатолическое богослужение. В то же время Феодосий выказал себя беспощадным гонителем древних культов. В 381 и 383 гг. он издал чрезвычайно строгие указы против всяких возвратов к язычеству и отпадений от христианства. Были воспрещены и языческие обычаи, и языческие увеселения. Высшей степени достигли преследования язычества в 391 г. в Александрии, когда был разорен знаменитый храм Сераписа, причем погибли и многие из языческих философов, не пожелавшие расстаться со своей верой. Грациан последовал на Западе примеру Феодосия. Тщетно просил его сенат, в большинстве еще состоявший из язычников, о возвращении той статуи Виктории, которая издревле украшала залу его заседаний. Император отклонил их просьбу, а в 383 г. навсегда сложил с себя сан высшего жреца (pontifex maximus). Но его власть вскоре была поколеблена тем, что он отдалил от себя католическую партию явным поощрением возникшей в Испании аскетической секты
Еще раз пришлось Феодосию бороться против восстания, когда вышеупомянутый франк
В 394 г. Феодосий явился к своим войскам в Сирмий, выступил против мятежников и, благодаря предательству, одержал над ним победу. Еще во время битвы Евгений был выдан ему и немедленно убит. Арбогаст сам покончил с собой; в его лице — этого последнего вождя-язычника — пала последняя опора языческих богов. В этом же 393 г., в 293 Олимпиаду, в последний раз были отпразднованы Олимпийские игры.