К довершению всего этого прибавилось недовольство и ропот со стороны народа, так как на него последовательно обрушились страшные бедствия. Три года подряд, с 1601 по 1604, в Московском государстве продолжались неурожаи, которые, в итоге, привели к неслыханному голоду. Страшный мор – неизбежное следствие голода – разразился над изнуренным населением Московского государства. Голодные, доведенные до отчаяния люди выходили на дороги разбойничать и грабили хлебные склады богатых людей и запасливых монастырей. Но как ни старался Борис Годунов помочь голодающим, все его усилия перед лицом этого страшного бедствия оказывались тщетными. Он щедро раздавал и хлеб из царских житниц, и деньги из своей казны, предоставлял народу возможность заработка на казенных постройках, но народ продолжал роптать на него и говорил, что бедствия посылаются на Русскую Землю Богом в наказание за прегрешения Бориса и за те темные дела, которыми он незаконно добился престола. Припоминалось ему и то, что он закрепостил народ, отдав его, вместе с землей, во власть помещиков...
И вдруг, в это страшное, бедственное время, из-за границы с Литвой начали доходить вести о том, что «настоящий, законный русский царь» появился во владениях польского короля, что этот царь есть никто иной, как Дмитрий, младший сын Иоанна Грозного, который будто бы каким-то чудом спасся от убийц, некогда подосланных Борисом в Углич... Под влиянием этих слухов, народ заволновался в ожидании каких-то новых, необычайных событий. Действительно, вскоре оказалось, что во владениях польского короля появился смелый и ловкий самозванец, и явился в такое именно время, когда его успех можно было считать вполне обеспеченным и по ту, и по эту сторону границы.
Следует заметить, что во второй половине XVI и в начале XVII века, и Польша, и в особенности русско-литовские области, расположенные в приграничных районах Московского государства, были переполнены весьма беспокойными элементами. Польское государство сложилось на аристократической основе, при огромном преобладании крупного землевладельческого дворянства, которое совершенно парализовало слабую власть избираемых королей, в большинстве случаев чуждых Польше. Около крупных магнатов-землевладельцев группировалось весьма многочисленное мелкое землевладельческое сословие, которое пользовалось правом голоса на сеймах, где являлось составной частью партий, поддерживавших того или другого магната. Народ находился в полном принижении и забвении, представляя собой только рабочую силу, которая давала возможность шляхте жить безбедно и праздно. Его интересы и вообще интересы государства менее всего принимались в расчет правящим сословием, съезжавшимся на сеймы, где преобладали личные интересы. Партийные вопросы решались криком подкупленной шляхты, а иногда пускались в дело и сабли.
Этой внутренней неурядицей прекрасно умело пользоваться католическое духовенство, которое в лице разных прелатов и папских легатов оказывало сильнейшее давление на весь ход польской политики как внутренней, так и внешней. Духовенство еще более усилилось с тех пор, как в Польше появились иезуиты, а Виленский епископ Валериан Протасевич вызвал их из Польши в Литву и направил их рвение на борьбу с православием в русско-литовских областях, где православие было господствующей религией. Иезуиты, основав в Вильне высшее учебное заведение – духовную академию – стали привлекать сюда избранных юношей из лучших литовско-русских дворянских фамилий и не пренебрегали никакими средствами для убеждения православных к переходу в католичество. Затем, при Сигизмунде III (преемник Стефана Батория), они стали уже открыто теснить православие и затруднять православному духовенству доступ к высшему образованию. Но когда иезуиты решились, наконец, вступить с православием в открытую борьбу, то встретили такой сильный отпор, какого не ожидали. После долгой и напрасной борьбы иезуиты пустились на хитрость: они стали демонстрировать усердное желание примириться с православием, стали усиленно хлопотать о Церковной Унии, т. е. о воссоздании Восточной и Западной Церкви под верховным главенством папы на самых, по-видимому, льготных условиях для православного населения западнорусских и южнорусских областей Польско-Литовского государства. Стараясь склонить на свою сторону наиболее влиятельных православных епископов, они предлагали им сохранить для православных все обряды православной Церкви и богослужение на русском языке, а самим епископам сулили щедрые награды и большие выгоды в будущем. Этими посулами им удалось склонить на сторону Унии двух весьма влиятельных православных епископов и киевского митрополита Рагозу, которые прибыли в Рим в конце 1595 года и дерзнули просить папу «от лица всего русского духовенства» о принятии русской Церкви под его верховное главенство и о присоединении ее к Унии.