С Польшей царю Михаилу Федоровичу пришлось вести две войны. Первая война (в 1617-1618 гг.) была довольно неудачна для Польши, но все же закончилась перемирием (на 14 лет) довольно выгодным для нее. За Польшей остался не только Смоленск, но и вся Северная область, но зато при заключении перемирия обменялись с обеих стороны пленниками, что позволило вернуться в Москву отцу государя, митрополиту Филарету, томившемуся в тяжком плену со времени взятия Смоленска Сигизмундом.
Тотчас по прибытии в Москву возведенный в сан патриарха Филарет стал во главе правления, рядом с юным царем, и был ему добрым советником и надежным соправителем. Находясь в таком исключительном и высоком положении, патриарху Филарету удалось многое сделать по улучшению областного управления и восстановлению государственного хозяйства, разоренного долгими внутренними смутами.
При непосредственном влиянии Филарета была начата и вторая война с Польшей в 1632 году, целью которой было отвоевать Смоленск, столь необходимый для обеспечения безопасности государства со стороны Литвы.
Под стенами Смоленска русское войско потерпело жестокое поражение от короля Владислава; но и он сам, вступив в пределы России, претерпел целый ряд неудач, и, убедившись в бесполезности борьбы, которую опасно было затягивать, он заключил с Московским государством «вечный мир» и навсегда отказался от своих притязаний на московский престол, признав Михаила Федоровича «государем московским».
Последние годы царствования царя Михаила Федоровича прошли весьма мирно; Московское государство с честью смогло выйти из всех внешних и внутренних затруднений и вступило со многими иноземными государствами в самые тесные и добрые отношения: шведский король Густав Адольф превратился из врага в доброго соседа и старался даже вступить в союз с царем Михаилом. Французский король Людовик XIII, с которым Московское государство впервые обменялось посольством при царе Михаиле, приглашал московского государя к союзу против Германии. Датский король старался поддержать и упрочить свои связи с Московским государством, а персидский шах Аббас (Великий) и английский король Иаков I даже ссужали царя Михаила деньгами, во время его войны с Польшей.
Царь Михаил Федорович – первый царь из дома Романовых – скончался 12 июля 1645 года и оставил после себя наследником сына, царевича Алексея Михайловича, который вступил на престол на шестнадцатом году жизни. Его долгое царствование (1645-1676 гг.) было преисполнено войнами с внешними врагами и внутренними смутами, которые ясно указывали на необходимость серьезных преобразований во внутреннем управлении и во многих сферах государственного устройства.
Заботы царя о внутреннем устройстве Московского государства выразились в составлении нового «Уложения», или сборника законов, который бы соответствовал современным потребностям русской жизни и устранял, по возможности, важнейшие проблемы, которые тяжелее всего отзывались на простом народе. Это необычайно трудное дело было поручено доверенным лицам государя и опытным политикам и законникам – дьякам Леонтьеву и Грибоедову. По поводу составления нового «Уложения» созван был в Москве Земский Собор и составители «Уложения» согласовывали с выборными людьми каждый пункт, прежде чем утвердить его окончательно.
Во время составления «Уложения» царь Алексей Михайлович сблизился с новгородским митрополитом Никоном – человеком умным, энергичным и твердым. После смерти патриарха Иосифа царь пожелал возвести Никона в сан патриарха и с его помощью произвести целый ряд преобразований в быту духовенства и в церковном устройстве. Наибольшее внимание новый патриарх обратил на исправление священных и богословских книг, в которых, благодаря малограмотности писцов, в течение веков вкралось множество грубых ошибок, перешедших, отчасти, и в печатные издания. Эти ошибки в книгах были замечены уже в предшествующее царствование, но попытки их исправления встретили сильнейший отпор со стороны невежественного духовенства, а те, кто занимался исправлением подверглись жестоким гонениям.