После победы над главным протестантским государством императору было уже нетрудно одержать верх над ландграфом Гессенским и мятежными богемцами. Ландграф, потеряв в курфюрсте Саксонском свою правую руку, был в безвыходном положении и должен был согласиться на переговоры, которые велись курфюрстом Бранденбургским, Иоахимом и его собственным зятем, новым курфюрстом Саксонским, Морицом.
Согласно условиям капитуляции, он должен был предаться на милость или немилость императора и разрушить все до одной свои крепости. По первоначальному проекту, ландграфу грозило также заточение, но в окончательном договоре об этом уже не было ни слова, и курфюрсты Иоахим и Мориц, равно как и сам ландграф, полагались, разумеется, на новую редакцию документа.
По слухам, в договоре были умышлено подменены слова: einiges Gefaengniss и ewiges Gefaengniss («некоторое заточение» и «вечное заточение»), но это был бы слишком грубый прием для дипломатического коварства. Тем не менее, император и его слуги совершили обман. Карл V не захотел отпустить снова ландграфа на свободу, так как ненавидел его потому, что слишком долго его опасался. Но он предпочел заранее не обнаруживать свои намерения.
19 июня того же года, в 4 часа пополудни, ландграф Филипп прибыл в Галле для принесения извинений перед императором. Он был в прекрасном расположении духа и смеялся, но строгое замечание Карла заставило его опомниться. Действительно, теперь было не до смеха. Он опустился на колени и императорский канцлер прочел формулу просьбы о прощении. Так как император не подавал никакого знака, ландграф поднялся с колен сам. Вечером, после ужина в замке, герцог Альба объявил изумленным курфюрстам, что ландграф останется тут же. Их горячие возражения ни к чему не привели, равно как и гневные объяснения на следующее утро. Оскорбленные, посрамленные в своей чести князья покинули императорский лагерь, а Карл повез далее своего второго пленника. Прага и богемцы были усмирены и наказаны точно так же.
К осени 1547 года, к открытию заседаний сейма, 1 сентября, в Аугсбурге, положение Карла V было наилучшим. Все покорялись ему, все чувствовали снова власть над собой и все текущие мирские дела устраивались теперь легко и по его усмотрению. Ему предоставлялось право на замену членов судебной палаты, учреждение государственной военной кассы для содержания Германией того самого войска, под чьим игом она находилась. Бургундское наследие императора, Нидерланды, было включено в состав государства в качестве бургундского округа и поэтому имело право на защиту с его стороны, оставаясь при этом неподсудным государственной судебной палате и, вообще, не подчиняясь ничему, что было бы стеснительно для этой страны.
Новый Кёльнский курфюрст, Адольф, из дома графов Шауенбургов, был посвящен в сан. Мориц Саксонский, предавший протестантов под нож императора, был утвержден в звании курфюрста. К тому времени уже были подготовлены меры для исполнения приговора над сопротивлявшимися еще городами и герцогом Альбрехтом в Пруссии.
Но следовало установить религиозные отношения до предстоящего полного воссоединения вероучений. Так называемый Аугсбургский интерим, то есть временное постановление, содержащее «его римского императорского величества заявление о том, как должно было обстоять относительно религии в богоспасаемом государстве до заключений имеющего быть общего собора», был признан имеющим законную силу (15 мая 1548 г.). Этот странный документ был составлен умеренными католическими и более нежели умеренными протестантскими богословами. Были допущены браки священнослужителей и причащение под двумя видами, вопрос об искуплении изложен в примирительном духе, но число семь для таинств, учение о пресуществлении, молитвенные воззвания к Святым и к Богоматери сохранялись вместе с празднованиями и всякого рода обрядами.
Император, увлеченный своим успехом, принял на себя трудное и, как доказали последствия, невыполнимое дело. Папа был в эту минуту решительно против него. В начале того же года, императорские уполномоченные прибыли в Болонью и положили на пороге соборной залы протест против перенесения собора сюда, а также заявление о непризнании каких бы то ни было принятых здесь, в Болонье, решений. Католические сословные чины в империи, с герцогом Баварским во главе, в ответ на свой запрос услышали от папы, что он не одобрит их присоединения к «интериму». Они дали понять императору, что знают, чему верить и как держать себя в церковных делах, а также то, что он переступает пределы своей власти.