Опекун юного короля, его дядя граф Гертфордский, которого Тайный Совет поставил во главе правления как протектора и герцога Соммерсетского, решительно приступил к упорядочению церковных дел. Фома Кранмер, архиепископ Кэнтерборийский, один из людей, которые в глубине души страстно привязаны к истине, но не обладающие мужеством всегда и всюду проводить ее, повел церковное преобразование в чисто протестантском духе, причем нашел себе поддержку в горячей проповеди искренне убежденного духовенства. Позорный закон шести параграфов, которым предписывалось выполнение догматов под страхом смертной казни, был парламентом уничтожен. Таинство святого причастия отныне следовало производить под двумя видами и при этом введена новая общая литургия, common-prayer-book, в которой протестантское учение нашло себе наиболее полное выражение.
Сам юный король стал ревностным протестантом. Вообще, мальчик оказался очень способным как к умственному, так и к физическому развитию и гораздо более зрелым, чем можно было ожидать от его лет. При этом ему открывалась большая будущность.
Наряду с Англией, Шотландия также находилась под управлением опекунства, так как там тоже дочь короля Иакова V, Мария, королева шотландская, была еще в младенческом возрасте. Герцогу Соммерсетскому пришла в голову мысль сочетать браком юного короля с наследницей соседнего государства и соединить Англию с Шотландией в одну великую протестантскую державу. В 1547 году он с этой целью взялся за оружие и после победы, одержанной над шотландцами, предложил им как основу мира брачный договор между Эдуардом VI и Марией. Но цели своей он не добился. Шотландцы отвезли свою малолетнюю королеву во Францию (1548 г.), где ей впоследствии предстояло вступить в супружество с дофином (наследником престола).
Не в одном только этом случае смелый план действий Соммерсета встречал противодействие. Когда протестантизм стал распространяться повсеместно, объединились и старокатолические элементы, в состав которых входило большинство населения северных графств: Корнуоллиса, Девоншира, Норфолка. Правительство одержало верх над недовольными, но энергичный способ действий, которого постоянно придерживался герцог Соммерсетский, восстановил против него многих, даже в самом Тайном Совете его враги получили перевес. В 1550 году он был низложен и его место занял вождь боровшейся против него оппозиции Дёдлей, граф Варвикский, ставший герцогом Нортемберлендским. Впоследствии, когда Соммерсет попытался вернуть себе свое положение во время народного восстания, то он был обезглавлен (1552 г.).
В Брюсселе Карл V возлагал большие надежды на этот переворот в Англии и ожидал ее возвращения в лоно католичества, но его надежды не оправдались. В тяжелые дни аугсбургского интерима (1548 г.) и испанской реакции в Германии Англия служила убежищем для преследуемых протестантских проповедников, что в значительной степени повлияло на ее дальнейшую историю. Протестантские учения в Англии возрастали и укреплялись. Английское духовенство также пришло к убеждению, что в Св. Писании содержится все необходимое человеку для спасения души, и Кранмер составил исповедание веры, состоявшее из 42 параграфов, в меланхтоновском духе, которое с одобрения короля и было обнародовано. Все епископы, которые были не согласны с этим новым исповеданием веры, были смещены.
Но все же все предпринятые меры и преобразования производились на очень непрочной, колеблющейся почве. По достижении Эдуардом VI 15-летнего возраста стало понятно, что правление его не будет долгим. После его смерти в отсутствие прямых наследников престол должен был перейти в руки Марии (дочери Екатерины Аррагонской), страстно преданной католицизму, проводившей всю свою горькую жизнь в молитве.
В это время герцог Нортемберлендский задумал пустить в ход такую политическую интригу, которая должна была одновременно и упрочить реформацию в Англии, и передать королевскую власть его дому. Дело в том, что у Генриха VIII были две сестры, Маргарита и Мария. Внучкой Маргариты была Мария Стюарт, королева шотландская, следовательно, иноземка. Внучкой Марии была леди Иоанна Грэй, которую герцог и сосватал за одного из своих сыновей, Гильфорда Дёдлей. При этом он сумел убедить Эдуарда нарушить принципы престолонаследия, установленные Генрихом VIII, и исключить из него обеих дочерей короля, Марию и Елизавету как рожденных от незаконного брака и назначить наследниками престола мужское потомство от брака Иоанны Грэй с Дёдлеем. Этот план мог бы свершиться, если бы королю Эдуарду довелось прожить еще несколько лет, но болезнь его прогрессировала намного быстрее, нежели можно было ожидать, и только в последние минуты жизни он подписал в своем предсмертном распоряжении: «леди Иоанна и ее мужское потомство». Он скончался 6 июля 1553 года.