Церковные приходы в это время только возникают. В деревне продолжали практиковаться нехристианские обряды, которые церковь третировала как «язычество». Некоторые пастыри кажутся этим озабоченными, но далеко не все. Примером активной пастырской деятельности епископа в VI в. являются проповеди Цезария Арльского, которых сохранилось свыше двухсот. Впрочем, из их содержания следует, что даже такой заинтересованный епископ не собирается посвящать паству в тонкости христианского учения, а требует формального соблюдения немногих обрядов и норм и признания своей пастырской власти. Неглубокий и формальный характер христианизации в начале Средних веков некоторые историки относят на счет трудности распространения христианского учения, которое осуществлялось в условиях культурного конфликта между миром ученой и «народной» культуры. В этот же период укрепляется культ святых, в особенности почетание святых мощей, а также уходит в прошлое характерное для Античности отторжение «города мертвых» от поселения живых. Могилы устраивают прямо в церквах, вблизи святых реликвий. Это явилось результатом сложного взаимодействия культурных традиций. Возможно, это только одна сторона дела. Скорее всего церковь в своем общении с паствой просто не желала поднимать серьезные вопросы. Знание деталей христианской доктрины она оставляла за собой. В целом христианство в начале Средневековья стоит понимать не как «переходный этап» к его, так сказать, более глубокой форме, требующей времени — оно было таким, потому что многих устраивало.
В период варварских королевств налаживаются некоторые формы религиозной жизни, которые определяют лицо христианства с тех пор. В частности, это касается практики покаяния. В древней церкви исповедь и покаяние в грехах были публичными. Покаяние предполагало временное исключение из общины верующих. Эти практики были слишком тяжелы для исполнения. В Испании VII в. их называли причиной волны самоубийств. Они вступали в противоречия с нормами социальной жизни и были заменены частной исповедью и тайным покаянием.
Первый большой теологический спор в Западной церкви касался христианской антропологии и учения о благодати. Камнем преткновения сначала явилась вероучительная деятельность Пелагия, который проповедовал в Риме в конце IV — начале V в. Пелагий стремился отстоять аскетический идеал христианства. По его мнению, подлинное следование Христу и тем самым надежда на спасение — удел тех, кто способен на подвиг безупречной нравственной жизни. Все другие христианские представления были подчинены этому. Проповедь Пелагия были призвана «растолковать, на какое благо способна человеческая природа», «раскрыть ее скрытые богатства». Согласно проповеднику, человек питает естественную склонность к добру и наделен душевной способностью самостоятельного и ответственного выбора между добром и злом — свободой воли «быть тем, чем он захочет». Благая природа человека, по мысли Пелагия, не была уничтожена грехопадением. В греховности люди скорее похожи на Адама и Еву, нежели унаследовали их грех. Они «долго выучивались злу, не приобретая никакой привычки к добру».
Взгляды Пелагия, рискованно развивавшие христианскую мысль, встретили организованное противодействие в лице лидеров африканской церкви, которые добились осуждения пелагианства как еретического учения. Вместо традиционного представления о церкви как сообществе праведных епископ Гиппона Августин предложил идею двух церквей — земной и небесной. По Августину, земная церковь неизбежно состоит из грешников. Это отвечает природе человека, которого после грехопадения его прародителей может повести к добру только Господь Бог. Церковь должна принять в свое лоно людей такими, какие они есть. Мечта видеть их поголовными праведниками не просто утопия. Она ведет к церковному расколу и хуже того — к ереси отрицания роли провидения, участия Бога в земных делах и божественной благодати, нисходящей на христиан.