Наряду с мусульманскими принципами организации государства, заимствованными у покоренных ими персов и арабов, сельджуки сохранили и некоторые черты политического устройства кочевых народов. К ним относится, в первую очередь, семейная концепция власти, когда империя рассматривалась как собственность всей семьи, а не отдельных ее членов, и таким образом функция руководства могла принадлежать нескольким братьям или осуществляться старшим сыном умершего правителя. Это порождало частые междоусобицы, ослаблявшие государство. Первая междоусобная война разгорелась еще в первой половине 60-х годов XI в., после смерти Тугрилбека, когда за власть боролись сначала двое его племянников — Алп-Арслан и Сулейман, а затем Алп-Арслан, уже ставший султаном, и его двоюродный дядя Куталмыш. Малик-шаху также пришлось отстаивать свои права на престол, которые оспаривал его дядя Кара-Арслан Кавурд.
В государстве Сельджукидов сохранялся также институт атабеков (букв, «дядька, отец-опекун») — наставников, советников и воспитателей при малолетних принцах-наследниках, которым давались в управление отдельные области сельджукской державы. Атабеки, приобретавшие большое влияние на своих воспитанников, нередко отстраняли царевичей от власти и объявляли себя независимыми правителями. Так, в Дамаске укрепилась атабекская династия Буридов (1104–1146), в Мосуле — Зангидов (1127–1222), в Иранском Азербайджане — Идельгизидов (1137–1225), в Фарсе — Салгуридов (1148–1270), а в Луристане — Хазараспидов (1148–1424) и ряд других.
В 1092 г. Низам ал-Мулк был убит, а через месяц скончался Малик-шах. Его смерть положила начало распаду империи Сельджукидов. Сыновья Малик-шаха в течение ряда лет оспаривали власть друг у друга: 1092–1094 гг. были периодом двоевластия: в Рее правил Беркъарук, а в Исфахане — другой сын Малик-шаха, малолетний Махмуд I (1092–1094).
Одержав верх над Махмудом, Беркъарук (1094–1105) стал верховным правителем Сельджукской державы. Ему пришлось отстаивать свое первенство и в борьбе против своего дяди Тутуша (1078–1095), эмира Сирии и Палестины, который угрожал Исфахану, а через несколько лет после разгрома армии Тутуша Беркъарук был уже вынужден отражать атаки своего брата Мухаммада. Братья заключили договор, разграничив сферы влияния: Беркъаруку, как верховному султану, отошел Центральный и Западный Иран и Ирак, а Мухаммаду, как его наследнику, — Северо-Западный Иран, Мосул и Сирия.
В восточных областях империи Сельджукидов Беркъаруку противостоял его дядя Арслан Аргун, который в 1092 г. захватил Хорасан. Сразу подавить воостание в Хорасане не удалось, но помог случай: в начале 1097 г. Арслан Аргун был убит своим же гулямом, после чего армия Беркъарука легко овладела Хорасаном. Там утвердился сводный брат Беркъарука Санджар.
В 1118 г. умер глава династии Сельджукидов Мухаммад I (1105–1118). Против его наследника Махмуда тут же выступил Санджар, который силой заставил Махмуда заключить договор. Санджар добился своего признания в качестве главы Сельджукидов, но одновременно с этим был вынужден отдать управление западных районов империи представителям других ветвей династии. Таким образом в начале XII в. Сельджукский султанат окончательно раскололся на несколько независимых и полунезависимых владений: Хорасанский (Восточносельджукский), Иракский и Румский султанаты.
Хорасанский, или Восточносельджукский султанат был основан Санджаром (1118–1157), четвертым сыном Малик-шаха, и вся история этого государства была связана с деятельностью этого правителя. Территория султаната — вместе с вассальными Хорезмом, Систаном, Газной и Мавераннахром — включала в себя практически всю Среднюю Азию, Иран и Афганистан; столицей султаната был г. Мерв.
Все время правления Санджара прошло в войнах со своими вассалами, с иракскими Сельджукидами и с вторгшимися из Синьцзяна киданями. В сентябре 1141 г. под Самаркандом восточные сельджуки были разгромлены киданями, а сам Санджар еле ушел из окружения. Кидани захватили Бухару и наложили дань на хорезмшаха. Некоторое время после поражения Санджару еще удавалось поддерживать единство своей державы. Он, в частности, вернул в вассальную зависимость хорезмшаха Атсыза (1127–1156), который разграбил Бухару в 1139 г., а в 1141 г. — захватил Сарахс и Мерв и увез к себе в Хорезм султанскую казну. Санджар сначала восстановил свою власть в Мерве, а затем осадил столицу хорезмшаха Ургенч, вынудив того вернуть награбленные сокровища. В 1152 г. Санджар разгромил у Герата войско другого своего вассала гуридского султана Ала ад-Дина I, отказавшегося платить Санджару дань.