Хронисты из разных регионов в ужасе отмечали, что в годы чумы стало некому хоронить погибших. Часто родные или соседи умерших просто выносили тела на улицы; их собирали на телеги и хоронили вместе. «Так как для большого количества тел, — пишет Дж. Боккаччо в “Декамероне”, —… не хватало освященной для погребения земли, особливо если бы по старому обычаю каждому захотели отводить особое место, то на кладбищах при церквах, где все было переполнено, вырывали громадные ямы, куда сотнями клали приносимые трупы, нагромождая их рядами, как товар на корабле, и слегка засыпая землей, пока не доходили до краев могилы». Поскольку ежедневно погибало множество людей, приходилось нарушать обряд погребения: иногда заупокойные службы проводились над 50 покойниками одновременно. Бывало, что в одну могилу опускали по 10–20 трупов. Трупы хоронили в общих могилах вне городских стен, без соблюдения обрядов, поскольку никто не соглашался позаботиться о них из страха заразиться. Воспринимая кладбища как «священное место», люди Средневековья не осмеливались даже удалять их от городов или обеззараживать чумные могилы гашеной известью. В Авиньоне тела с благословения папы Климента VI погрузили на телеги и сбросили в Рону, чтобы вода унесла их, но поток вновь вынес их на берег, приведя в ужас горожан. В других городах трупы сжигали вопреки традиции средневековой христианской культуры. При этом если людей все же хоронили, то издохшие животные оставались разлагаться на месте гибели. В окрестностях Лондона одно из пастбищ было усеяно трупами 5 тыс. овец, смрад от которых пугал даже зверей и птиц.
Во многих городах жители если не спасались бегством, то пытались избегать мест большого скопления людей. В Венеции были закрыты все церкви. Дж. Боккаччо сообщает, что многие жители Флоренции запирались в домах и всячески избегали общения с окружающими. В Лондоне была отменена сессия Парламента и закрыты школы. Прямо противоположным образом поступали жители Брешии, где проходили нескончаемые религиозные процессии с молитвами об избавлении от пагубного мора. Эти коллективные моления также становились фактором распространения инфекции. Во Флоренции ордонансы городских властей повелевали уничтожать собак и кошек, что лишь усложнило ситуацию: именно собаки и кошки душили крыс, подлинных переносчиков инфекции.
И главной задачей стали меры, препятствующие дальнейшему распространению страшной болезни: именно чуме Европа обязана появлением карантинной службы и основ городского здравоохранения. Санитарно-профилактические меры были делом не столько врачей, сколько местных властей, и в разных городах применялись различные меры, имевшие целью изоляцию зачумленных.
Разведение огня практиковалось не только с целью оградить зачумленный район, но, в первую очередь, для «очищения воздуха» от миазмов, переносящих заразу. Так, например, в Авиньоне папа Климент VI специально приказал разжигать на улицах костры для очистки воздуха. Власти помещали заболевших в лепрозории, находящиеся за городской чертой. Появились так называемые «чумные врачи», которые должны были оказывать помощь заболевшим. В Венеции их изолировали на остров ев. Лазаря (лацаретто) (с этого времени слово «лазарет» стало обозначать чумной госпиталь). Кроме того, больным там запрещалось входить в город. В Милане район города, где были зафиксированы случаи чумы, был обнесен стеной и замурован. Возможно, эти драконовские меры возымели успех, так как в Милане погибло всего 15 % населения. Имущество умерших от чумы сжигалось, а их дома дезинфицировались серой и известью. Вход и выход из городов были ограничены.
Особые меры предосторожности принимались в портовых городах. В Венеции, Модене, Марселе, Пизе, Генуе экипажи кораблей, прибывавших с Востока, в течение 40 дней не сходили на берег, чтобы предотвратить возможное заражение (quarantenaria, «сорокадневие», отсюда слово «карантин»). В 1377 г. в Рагузе (Дубровнике) был установлен 30-дневный период изоляции на соседнем острове для всех судов, прибывавших из зараженных районов, впоследствии этот период также был увеличен до 40 дней.