Положение королевской партии, возглавляемой Маргаритой Анжуйской, более решительной, чем ее муж, усложнилось болезнью последнего, у которого появились припадки безумия, такие же, как у его деда, французского короля Карла VI. Герцог Ричард Йорк был ближайшим претендентом на престол, так как его мать Анна Мортимер приходилась внучкой уже упомянутого третьего сына Эдуарда III Плантагенета Лайонела, а по мужской линии он происходил от его пятого сына, в то время как Ланкастеры — от четвертого сына (Джона Гонта). Регентство Йорка не устраивало Маргариту, и в 1455 г. борьба между Ланкастерами и Йорками вступила в вооруженную стадию. Война продлилась более 30 лет и позднее получила название войны Алой и Белой роз по символам, избранным для себя враждующими партиями. Кризис усугублялся слабостью центральной власти, пользуясь которой крупные феодальные дома вступали в местное соперничество, и изобилием в стране наемников после фактического окончания Столетней войны.
В начале военных действий успех сопутствовал йоркистам под командованием Ричарда Невилла, графа Уорвика, позже прозванного «делателем королей». Ричард Йорк закрепил за собой титул лорда-протектора, но затем снова был отослан в Ирландию. Вернувшись оттуда с войском в 1459 г., он после нескольких сражений захватил короля в плен и посадил его в лондонский замок Тауэр. Йорк был провозглашен наследником короля, таким образом, малолетний сын Генриха VI Эдуард Вестминстерский (род. 1453–1471) был отстранен от престола.
В конце 1460 г. Ричард Йорк направился на Север Англии, где собирала силы королева Маргарита. Здесь 30 декабря он потерпел неожиданное поражение в битве при Уэйкфилде, и сам погиб в ней вместе с одним из сыновей. Голова герцога была выставлена на пике в соломенной короне.
Главой йоркистов стал теперь старший сын Ричарда Эдуард, граф Марш, который смог короноваться в Лондоне под именем Эдуарда IV и разгромил своих противников в кровопролитном сражении при Тоутоне 29 марта 1461 г., где погибло около 20 тыс. человек. Королевская чета бежала в Шотландию, правда, король в 1465 г. был снова арестован и заключен в Тауэр, а королева отправилась во Францию к своему двоюродному брату Людовику XI. Здесь она собрала новые силы, к которым присоединились поссорившийся с Эдуардом IV граф Уорвик и брат короля, еще один сын Ричарда Йорка герцог Кларенс. Их войско высадилось в Англии, а Эдуард IV, в свою очередь, отправился за помощью к герцогу Бургундскому Карлу Смелому, с недавних пор женатому на его сестре Маргарите. Эдуарда сопровождал другой его брат, Ричард Глостер, и при первом столкновении в Англии на их сторону снова перешел Кларенс. Это была битва при Барнете 14 апреля 1471 г., в которой погиб граф Уорвик. Окончательное поражение силы Ланкастеров потерпели в начале мая при Тьюксбери, Эдуард Вестминстерский погиб, а Генрих VI в третий раз попал в Тауэр, где вскоре был обнаружен убитым. Королева Маргарита также оказалась в тюрьме, откуда в 1475 г. ее выкупил французский король.
Смуты на этом, однако, не закончились, а только прервались до смерти Эдуарда IV в 1483 г. Правда, уже в 1478 г. по обвинению в заговоре брат короля герцог Кларенс был заключен в тюрьму и тайно казнен (по легенде он сам выбрал себе смерть — утонул в бочке с мальвазией). В 1475 г. был подписан выгодный для Эдуарда договор с Францией; его войско, возглавленное вторым братом, Глостером, успешно воевало в Шотландии.
Наследник Эдуарда, которому в момент воцарения исполнилось 12 лет, был провозглашен королем под именем Эдуарда V, а его мать Елизавета Вудвилл — регентшей. Влиятельная партия противников королевы объявила протектором Ричарда Глостера, который поместил Эдуарда V и его брата Ричарда в Тауэр (который служил одновременно дворцом и тюрьмой). В июне 1483 г. права Эдуарда на престол были объявлены парламентом недействительными вследствие того, что его отец, Эдуард IV, вступил в брак с Елизаветой Вудвилл уже будучи женатым, а также того, что и сам он был плодом внебрачной связи его матери. В итоге Глостер короновался под именем Ричарда III, а о судьбе его племянников в дальнейшем не известно ничего определенного (хотя короля после его свержения обвиняли в их убийстве, существуют и другие версии).