На рубеже IX–X вв. н. э. в древних городах центральной зоны расселения майя прекратилась деятельность, имеющая отношение к традиционным жреческим занятиям и обслуживанию потребностей правящей элиты. О причинах кризиса среди ученых продолжаются дискуссии. В качестве возможных факторов воздействия называются природные катаклизмы, междоусобные войны, внутренние конфликты в городах-государствах, стремление компенсировать нехватку животного белка за счет развития рыболовства и морских промыслов в прибрежных районах Юкатана; существуют и другие гипотезы.
С X в. в регион начали проникать завоеватели, подчинившие местных жителей. Постепенно складывались иные политические образования, известные как майя-тольтекские государства. На территории Юкатана в XI в. население было подчинено правителям городов Чичен-Ица, Майяпан и Ушмаль, которые некоторое время действовали сообща (так называемая Майяпанская лига), но с конца XII в. вступили в период затяжных конфликтов. До середины XV в. лидерство удерживали кокомы Майяпана, активное противодействие которым оказывали племена тутулъ-шыу. Борьба за гегемонию обернулась образованием 16 новых соперничающих друг с другом небольших государств. Основные вехи истории региона обозначены в сочинении францисканца Д. де Ланда «Сообщение о делах в Юкатане» и в других документах.
В Гватемале и на сопредельных территориях с приходом тольтеков тоже сформировались новые центры притяжения (города Сакулеу, Небах, Каминальгуйу и др.), которые по мере усиления включались в междоусобицы. В XVI в. самыми обширными владениями располагали киче, которым принадлежали земли от тихоокеанского побережья до дебрей Петена, а столицей служил г. Гумаркаах (Утатлан). История и мифология этого народа майя запечатлены на страницах книги «Пополь-Вух».