Образование монгольского государства Хулагуидов и взятие монголами Багдада (1258 г.) поставили Сирию и Палестину, а вслед за ними и Египет под угрозу монгольского завоевания. Монгольские войска не раз занимали Сирию при поддержке крестоносцев и Киликийского армянского царства. Крестоносцы поддерживали монголов, понимая, что не смогут удержаться в своих владениях, если враждебный им Египетский султанат сохранит свою военную мощь.
Но в 1260 г. мамлюкский султан Египта ввёл свои войска в Сирию и наголову разбил монгольские отряды при Айн-Джалуте. Победитель монголов султан Бейбарс (1260—1277), по происхождению кыпчак (половчанин), выдающийся полководец, отнял также ряд пунктов у крестоносцев. В 1268 г. Бейбарс взял штурмом богатую Антиохию, положив конец созданному крестоносцами ещё в конце XI в. Антиохийскому княжеству. Город был полностью разрушен и больше уже не смог возродиться. В 1277 г. монгольские силы были разбиты войсками Бейбарса при Альбистане. Вскоре мамлюкским султанам удалось совсем вытеснить крестоносцев из Сирии.
Башня цитадели в Каире. XII—XIII вв.
Хулагуидский государь Аргун-хан отправил в Европу посольство во главе с несторианским монахом уйгуром Раббан Саумой для переговоров с государями Франции, Англии, с Генуей и с римским папой об организации нового крестового похода в целях совместного завоевания Сирии и Палестины (1287 г.). Однако Франция и Англия не пошли дальше обещаний. Хулагуидский государь Газан-хан, сын Аргун-хана, двинулся в Сирию, занял Алеппо и Дамаск, но снова потерпел от мамлюков тяжёлое поражение при Мардж-ас-Суффаре (1303 г.). Со второго десятилетия XIV в. Хулагуиды уже не пытались покорить Сирию и Палестину, и эти страны, опустошенные долгими войнами, остались под властью мамлюкских султанов Египта до начала XVI в. Мамлюкский султанат Египта был первым государством, которое оказалось в состоянии не только остановить наступление монгольских войск, но и отбросить их. Причина этого заключалась, видимо, во все еще очень большой материальной мощи Египта в XIII в., в крепкой военной организации и относительно сильной султанской власти. Напротив, наступательная сила Хулагуидского государства была ослаблена в связи с продолжавшимся упадком производительных сил, развитием внутренних противоречий и ростом феодальной раздробленности.
В борьбе с Хулагуидским государством султаны Египта заключили военный союз с монголами Золотой Орды, нападавшими на Хулагуидов на Кавказе. Борьба мамлюкских султанов с хулагуидскими правителями, союзниками христиан, велась под идеологической оболочкой «защиты ислама». После взятия монголами Багдада и гибели Аббасидского халифата (1258 г.) «правоверный» (суннитский) ислам лишился единого духовного главы — халифа. В Каире появился беглец из Багдада, назвавший себя дядей последнего аббасидского халифа в Багдаде. И хотя происхождение этого беглеца вызывало сомнение, в Каире сочли выгодным ему поверить. С тех пор мамлюкские султаны держали при своём дворе в Каире так называемых аббасидских халифов в качестве главных духовных лиц. Халиф своим религиозным авторитетом укреплял власть султана.
В Африке к Египетскому султанату при Бейбарсе были присоединены Ливия и Барка и подчинена Нубия, бывшая тогда ещё христианской. Мамлюкские султаны сохранили власть и над Хиджазом с его священными для мусульман городами — Меккой и Мединой.
Киликийская Армения и Кипр