Энергичная защита Мюнцером насущных нужд широких масс народа сделала его вождём крестьянско-плебейского лагеря, перешедшего в 1524 г. к открытой борьбе. Великая крестьянская война, явившаяся высшим выражением классовой борьбы немецкого крестьянства, была в то же время кульминационным пунктом всего общественного движения той эпохи. Крестьянская война началась в Южном Шварцвальде и в соседних землях Верхнего Рейна и Верхнего Дуная, являвшихся ещё в XV и начале XVI в. районом наиболее интенсивного крестьянского движения. Политическая борьба различных оппозиционных групп протекала в этом расположенном близ швейцарской границы районе также более бурно, чем в остальной Германии. В реформационном движении здесь одержали верх направления, более радикальные, чем лютеранство, которые не ограничивались требованиями изменений в церковных делах. В бюргерских кругах значительным влиянием пользовалась политическая пропаганда швейцарского реформатора Цвингли. В народных же низах города и деревни ученики и сторонники Мюнцера с большим успехом распространяли идеи народного понимания реформации — идеи социального переворота.
Первые события Крестьянской войны относятся к лету 1524 г. В ландграфстве Штюлинген, северо-восточнее города Вальдсхута на Верхнем Рейне, крестьяне деревень Бондорф, Эвантинген, Ботмаринген и других восстали против своих феодалов графов фон Лупфен. Вслед за этим выступили ещё более многочисленные группы крестьян в землях между Верхним Рейном и Верхним Дунаем — Гегау, Клетгау, Баар и в Южном Шварцвальде. Во всех этих землях крестьяне предъявляли феодалам жалобы, в которых излагались возмутившие их факты усиления феодального гнёта. Штюлингенские крестьяне, так же как и крестьяне графов Фюрстенбергов и Шелленбергов, в многочисленных подробно составленных статьях своих жалоб указывали на расширение барщины и на стремление господ распространить крепостное состояние на всех крестьян. Они требовали отмены всех новых поборов и повинностей, введённых за последние десятилетия.
Лупфены, Фюрстенберги и другие крупные феодалы этого района пытались путем угроз и словесных обещаний внести раскол в ряды восставших. На первых порах им удалось склонить крестьянских вожаков к компромиссному соглашению. Однако крестьянская масса продолжала настаивать на своих требованиях и отвергла соглашение. В октябре 1524 г. весь район Верхнего Рейна и Южного Шварцвальда был уже охвачен восстанием. В ряде мест крестьяне отказывались от выполнения феодальных повинностей и стали собираться в мелкие и более крупные отряды.
Крестьянская война в Германии 1524—1525 гг.
Предъявленные крестьянами требования и быстрое распространение восстания вызвали удивление и страх среди феодалов, которые высказывали свою уверенность в наличии здесь революционной пропаганды и определённой организующей силы. Современники обратили внимание на то, что одновременно с распространением крестьянского восстания реформационное движение в городах этого района также принимало характер открытых выступлений. В Вальдсхуте широкие массы горожан добились возвращения в город изгнанного раньше оттуда их любимого проповедника Бальтазара Губмайера, являвшегося в то время учеником Томаса Мюнцера. Такие же события имели место в Кенцингене и в ряде других городов района. В кругах феодалов и городских властей считали несомненным, что между выступлениями в городах в защиту народных проповедников реформации и быстрым нарастанием крестьянского восстания существует прямая связь.
Эта уверенность имела достаточные основания. В конце лета и осенью 1524 г. Мюнцер находился в этом районе, в Клетгау, откуда он и его сторонники разъезжали по сёлам и городам. Пропаганда Мюнцера и связанных с ним анабаптистов сделалась организующим фактором в обстановке стихийно начавшихся здесь крестьянских волнений. Составлявшиеся крестьянами и городскими низами жалобы на местных господ объединялись мюнцеровскими пропагандистами в общую программу, выражавшую недовольство угнетённого народа. Популярное же в эпоху Реформации общее требование введения «божественного права» трактовалось ими как требование нового социального порядка. Так, в конце 1524 г. (или в январе 1525 г.) составлена была здесь, в кругу Мюнцера, первая программа революционного крестьянства, известная под названием «Статейное письмо» (Artikelbrief), предназначенная служить введением ко всем разнообразным местным требованиям и жалобам крестьянских общин.