Аския Мохаммед I несколько упорядочил систему управления. Государство было разделено на 4 провинции, а главнейшие торговые города страны — Тимбукту и Дженне с их окрестностями управлялись особыми правителями. Большинство правителей назначалось царём из числа его родственников. В состав правительства, возглавлявшегося балама, входили также лица, ведавшие финансами, судами, плававшими по Нигеру, главный лесничий, главный рыболов, верховный жрец, ведавший всем немусульманским населением страны, и т. д. Мохаммед I создал постоянную армию, заменив ею нерегулярное ополчение. В 1495—1497 гг. Мохаммед I отправился на богомолье в Мекку с огромной свитой из 500 всадников и 1000 пехотинцев. Он истратил в этом путешествии огромные суммы и задолжал египетским купцам 150 тыс. дукатов. Аския был принят аббасидским халифом Аль Мотаввакилем, который назначил его своим заместителем в Судане, дав ему титул Амир аль Муминин, т. е. эмира правоверных. В результате походов на запад владения аскиев достигли низовьев Сенегала, и в состав государства была включена страна Текрур. На востоке их владения достигли стран Хауса. В 1512—1513 гг. почти все города Хауса — Зария (Зегзег), Кацина, Занфара, Гобер и Кано — были взяты войсками аскии и обложены данью. В 1515 г. войска аскии достигли Аира и захватили Агадес. Однако все эти успехи были непродолжительны. В 1517 г. Канта, царь Кебби в восточной части страны, восстал против аскии. Одновременно с ним восстали сыновья аскии — Муса, Дауд и Измаил. В результате междоусобной борьбы Мохаммед I был захвачен, ослеплён и сослан на один из островов на Нигере. Начался период междоусобных войн. Один за другим сыновья аскии захватывали трон, причём во всех этих распрях главную роль играло войско, которое фактически назначало царей. К этому времени относится первое столкновение владык Сонгаи с султанами Марокко. Марокканский султан предложил уступить ему соляные копи Тагазы. В ответ на это аския Исихак послал туарегов разорить Южное Марокко. При Дауде (1549—1582) марокканцы напали на Тагазу, убили местного правителя и разрушили соляные промыслы. В 1582 г. марокканский султан Мулай Ахмед аль-Мансур послал в Судан богатые дары, чтобы почтить вступившего на престол аскию Мохаммеда III. Позднее марокканцы снарядили войско под начальством Джудара-паши, состоявшее в большинстве своём из наёмников-европейцев, имевших артиллерию, и из местных войск, вооружённых аркебузами и копьями. В битве при Тондиби (1591 г.) сонгайская армия, численно превосходившая марокканскую, но вооружённая только копьями и луками, была разбита. Марокканцы заняли Тимбукту и Гао.
Предпринимая захват Судана, марокканские султаны рассчитывали захватить в свои руки торговлю золотом. Первые результаты похода, казалось, оправдывали эту надежду. Марокканские отряды Джудара-паши ограбили Тимбукту, Дженне и Гао и отправили богатую добычу в Марокко. Считается, что султан Марокко получил 4,5 млн. фунтов золота, которое он обратил на украшение своих дворцов и мечетей. Современники дали ему прозвание Аль-Мансур Аз-Захаби, т. е. Аль-Мансур Золотой. Однако цели своей марокканские султаны не добились. Их войска оказались бессильны справиться с Сонгаи. Убедившись в том, что в открытой битве марокканцы, имевшие огнестрельное оружие, одерживали верх, сонгайские военачальники стали производить внезапные нападения на марокканские лагери, заманивая в засады, окружая и уничтожая отдельные отряды противника. Марокканцы оказались в трудном положении; их попытки вступить в переговоры окончились неудачей. Оплата наёмных войск поглощала все доходы марокканцев. Во время одной из стычек командующий марокканской армией был убит. Марокканские отряды удалились в города Тимбукту и Гао. С 1618 г. марокканский султан Мулай Зидан окончательно прекратил помощь находившимся в Судане марокканским войскам. Государство Сонгаи, однако, вышло из этой войны чрезвычайно ослабленным. Оно фактически перестало существовать. Вновь усилились набеги северных соседей. В 1680 г. туареги захватили даже прежнюю столицу страны Гао.
Государства Моси, Хауса и Борну