Хозяйственные потребности кочевников-скотоводов, особенно их феодализирующейся знати, всё более нуждавшихся в земледельческих продуктах и в ремесленных изделиях, нередко служили побудительными мотивами к передвижениям кочевников из глубины степей к земледельческим оазисам и городам. Именно в связи с этим в XV—XVI вв. развивался обмен в сыр-дарьинских городах, возрастало хозяйственное и политическое значение некоторых из них, в частности Ташкента.
В начале XVI в. в результате завоевания территорий, входивших в состав государства Тимуридов, узбекским ханом Мухаммедом Шейбани основные земледельческие районы Средней Азии оказались под властью узбекских феодалов. Номинально подчинились власти Шейбанидов и горные владения, расположенные на территории современного Таджикистана.
Однако держава Шейбани была непрочным военно-административным объединением. Феодальные усобицы вскоре ослабили обширное, но не успевшее окрепнуть Узбекское государство. Создались благоприятные условия для военных вторжений иранского шаха Исмаила и его союзника — Бабура. В 1510 г. в ожесточённой битве с войсками Исмаила в районе Мерва было убито много узбекских воинов, погиб и сам Шейбани. Часть его завоеваний была утеряна. В конце 1512 г. Бабуру удалось овладеть Самаркандом. Но уже в следующем году Бабур потерпел в Мавераннахре поражение и Самарканд вновь стал столицей Шейбанидов. В процессе дальнейшего роста феодальной раздробленности многие среднеазиатские города (Бухара, Ташкент, Фергана и др.) превратились в независимые владения. В середине XVI в. столица образовавшегося на территории Мавераннахра узбекского ханства Шейбанидов была перенесена из Самарканда в Бухару, после чего за этим ханством утвердилось название Бухарского.
Взятие крепости Гондри войсками Бабура. Миниатюра могольской школы. XVI в.
В конце 50-х годов XVI в. усилился шейбанид Абдулла-хан, посадивший на трон своего отца Искандер-хана (1561—1583). Действуя от его имени и приняв на себя обязанности командующего войсками, Абдулла-хан успешно закончил борьбу с другими претендентами на престол и значительно расширил пределы Бухарского государства: он подчинил Ферганскую долину и взял Балх, а в 1576 г. овладел Ташкентом и Самаркандом. В 1583 г., после смерти своего отца, Абдулла-хан занял трон и правил до 1598 г. В борьбе за укрепление ханской власти он опирался на поддержку высшего мусульманского духовенства и действовал с беспощадной жестокостью, уничтожая непокорных сородичей и вассалов. Достигнутое такими мерами временное ослабление феодальной раздробленности в шейбанидских владениях и объединение Мавераннахра вокруг одного центра — Бухары создали в стране относительное спокойствие и сравнительно благоприятные возможности для развития торговли и хозяйственной жизни населения.
Военные походы и политические действия Абдуллы-хана, стремившегося щедрыми пожалованиями уделов склонить на свою сторону казахских султанов, обеспечили ему в 70—80-х годах немалое влияние и в землях Южного Казахстана. Однако в 1588 г. казахский хан Тевеккель порвал свои вассальные отношения с правителем Бухары и выступил против него. Последовали длительные войны между бухарскими и казахскими феодалами, продолжавшиеся почти непрерывно и в течение всей первой половины XVII в. В 1584 г. Абдулла-хан завоевал Бадахшан, где до этого времени оставались ещё правители из династии Тимуридов, затем овладел городами Мервом, Гератом и Мешхедом, а в 1593—1594 гг. покорил Хорезм.
Обострение отношений с шахом Ирана Аббасом I побудило Абдуллу-хана искать союза против него с Турцией и индийской державой Великого Могола. В 1585 г. состоялся обмен посольствами между Бухарой и Индией.
После смерти Абдуллы-хана и вскоре последовавшего убийства его сына феодалами династия Шейбанидов прекратила своё существование и бухарским престолом овладели Аштарханиды (1599—1753), потомки астраханских ханов, бежавших из покорённой войсками Ивана Грозного Астрахани.
В начале XVII в. политическое значение Бухары резко пало. Уже в 1598 г. возвратили свою самостоятельность правители Хорезма, а затем были утрачены и многие другие завоевания Абдуллы-хана. После Имамкули-хана (1611—1642), укрепившего в известной мере власть и совершившего несколько крупных набегов на казахские степи, в Мавераннахре вновь наступили худшие времена феодальной раздробленности.
Аграрные отношения в Бухарском ханстве
Существовавшая в Бухарском ханстве государственная феодальная собственность на землю в ряде случаев была только номинальной и фактически прикрывала собственность крупных феодалов и высшего мусульманского духовенства.
В государстве Шейбанидов уже в первой половине XVI в. узбекская феодальная верхушка обладала крупной земельной собственностью. Среди крупных феодалов было немало и представителей старинной тимуридской знати, примирившихся с династией Шейбанидов и удержавших (если не полностью, то частично) свои земельные владения.