Внутренняя структура дворянства также несколько изменилась. Во главе привилегированного сословия самураев стоял верховный сюзерен, носивший прежнее наименование сёгуна. На ступень ниже стояли его непосредственные вассалы, бывшие сподвижники Токугава Иэясу. Владения этих вассалов были значительно расширены. Затем шли «посторонние князья», т. е. прочие крупные феодалы, которые в прошлом не были связаны с домом Токугава прямым вассалитетом и которых Токугава подчинил силой оружия. Вся остальная масса самурайства находилась в подчинении у сёгуна и местных князей.
Существовал и особый слой самураев, так называемые хатамото-самураи, находившиеся в непосредственном подчинении у правительства сёгуна. Их насчитывалось 5 тыс. человек. Часть хатамото имела свои земельные владения, довольно значительные по размерам, но меньшие, чем у даймё (менее 10 тыс. коку). Хатамото составляли слой феодального чиновничества. Остальное самурайство составляло войско сёгуна и отдельных даймё. Из 350—400 тыс. самураев по всей стране в непосредственном подчинении сёгуната или его вассалов — хатамото было около 80 тыс. самураев.
Над всем аппаратом управления был учреждён особый надзор в лице чиновников сёгуна, наблюдавших за всеми сословиями.
Храм Сэйсуй-дзи. 1633 г.
Изоляция страны. Народные антифеодальные движения
В XVI в. велись оживлённые сношения с европейскими странами, Сиамом, Филиппинами. Политику ограничения деятельности иностранцев начал проводить Хидэёси, дважды, в 1587 и 1597 гг., издававший указы, направленные против миссионерской пропаганды в Японии. Однако Хидэёси вместе с тем содействовал расширению торговли и дипломатических отношений с европейцами, рассчитывая получить у них суда и оружие и этим обеспечить успех предпринятого им корейского похода. Токугава Иэясу ещё более ограничил деятельность иностранных миссионеров в Японии. В то же время он покровительствовал англичанам и голландцам, желая использовать их для ослабления влияния испанцев и португальцев, создавших себе опору среди князей на острове Кюсю. Против испанцев принимались особые предупредительные меры. Наряду с этим Иэясу восстановил прерванные во время японо-корейской войны сношения с Кореей и Китаем. С Кореей был заключён в 1609 г. договор, по которому японцы допускались в один корейский порт — Пусан. Были также ограничены сроки пребывания японцев на корейской территории и количество судов, которые Япония могла посылать в Корею.
Наиболее решительную политику, направленную против европейцев, вёл третий сёгун из дома Токугава — Иэмицу (1623—1651), издавший в 30-х годах XVII в. ряд указов, согласно которым японцам запрещалось покидать пределы своей страны под угрозой смертной казни и строить большие суда, пригодные для дальних рейсов. Одновременно иностранцам было запрещено под угрозой того же наказания посещать Японию. Только торговым судам голландцев и китайцев разрешалось заходить в Нагасаки, где на острове Дэсима происходила торговля.
Изгнание испанцев и португальцев в известной мере диктовалось опасностью вооружённого вторжения европейцев, особенно в силу поддержки ими юго-западных князей. Почти все юго-западные князья находились во время битвы при Сэкигахара (1600 г.) во враждебной Токугава коалиции. Среди них были принявшие христианство и весьма тесно связанные с испанцами и португальцами. Англичане сами прекратили торговлю с Японией несколько ранее (1623 г.) ввиду острой конкуренции со стороны голландцев.
Среди причин, приведших к изоляции страны, известную роль сыграло то обстоятельство, что антифеодальное движение крестьян часто принимало религиозную оболочку христианства. Феодальная оппозиция, выступавшая против династии Токугава, также использовала в своих целях христианскую религию. Так, например, собравшиеся в Осака под знамёнами Хидэёри десятки тысяч ронинов были почти все христианами, тесно связанными с португальскими и испанскими миссионерами. Ещё в 20-х годах XVII столетия, когда сёгуны не собирались прекращать полностью торговые сношения с иностранцами, испанцам были запрещены торговля и приезд в Японию. Той же причиной объяснялся строжайший запрет в 1630 г. ввоза европейской литературы, ибо в ней могло встретиться упоминание о христианстве; все подобного рода книги подлежали сожжению. Запрещён был даже ввоз китайских книг, что-либо упоминавших о Западе.
Интерьер замка Нидзё. 1602—1603 гг.
Наиболее мощное антифеодальное восстание под христианскими лозунгами произошло в 1637—1638 гг. в районе Симабара и Амакуса на острове Кюсю. В нём участвовало свыше 30 тыс. человек. Во главе крестьян стояли ронины, бывшие вассалы одного из сподвижников Хидэёси — Кониси Юкинага, участника корейского похода. Характерной особенностью восстания, выделявшей его из всей массы революционных крестьянских выступлений в средневековой Японии, являлись более высокая организованность и умелое использование огнестрельного оружия.