Религия занимала большое место в жизни древних народов области Анд. Наиболее древнего происхождения были пережитки тотемизма. Общины носили названия животных: Пумамарка (община пумы), Кондормарка (община кондора), Уаманмарка (община ястреба) и т. п.; сохранилось культовое отношение к некоторым животным. Близко к тотемизму стояло религиозное олицетворение растений, в первую очередь картофеля, как культуры, игравшей огромную роль в жизни перуанцев. До нас дошли изображения духов этого растения в скульптурной керамике — сосуды в виде клубней. «Глазок» с ростками воспринимался как рот пробуждающегося к жизни растения. Большое место занимал культ предков. Когда айлью из родовой общины превратилась в соседскую общину, предки стали почитаться как духи-покровители и охранители земли данной общины и вообще местности.
С культом предков был связан и обычай мумифицирования умерших. Мумии в нарядных одеждах с украшениями и бытовой утварью сохранялись в гробницах, часто высеченных в скалах. Особенного развития достиг культ мумий правителей: они окружались ритуальным почитанием в храмах, жрецы шествовали с ними во время больших праздников. Им приписывалось сверхъестественное могущество, их брали в походы и выносили на поле битвы. У всех племён области Анд существовал культ сил природы. Очевидно, вместе с развитием земледелия и животноводства возник культ матери-земли, называвшейся Пача-мама (на языке кечуа паче — земля).
Инки учредили государственный культ с иерархией жрецов. Очевидно, жрецы обобщили и развили дальше существовавшие мифы и создали цикл космогонической мифологии. Согласно ему, бог-творец — Виракоча создал мир и людей на озере (очевидно, на озере Титикака). После сотворения мира он исчез за морем, оставив сына Пачакамака. Инки поддерживали и распространяли среди покорённых народов представление о происхождении их легендарного предка Манко Капака от солнца. Верховный инка считался живым олицетворением бога солнца (Инти), божественным существом, обладающим в силу этого неограниченной властью. Крупнейшим культовым центром был храм Солнца в Куско, называемый также «Золотое подворье», так как стены центрального зала святилища были выложены золотыми плитками. Здесь помещались три идола — Виракочи, Солнца и Луны.
Храмы владели громадными богатствами, большим числом служителей и мастеров, архитекторов, ювелиров и скульпторов. Этими богатствами пользовались жрецы высшей иерархии. Основное содержание культа инков состояло в жертвенном ритуале. Во время многочисленных праздников, приуроченных к различным моментам аграрного цикла, совершались разнообразные жертвоприношения, главным образом животными. В чрезвычайных случаях — на празднестве в момент вступления на престол нового верховного инки, во время землетрясения, засухи, повальной болезни, во время войны — в жертву приносились люди, военнопленные или дети, взятые в виде дани с покорённых племён.
Развитие положительных знаний у инков достигло значительного уровня, как об этом свидетельствует их металлургия и дорожное дело. Для измерения пространства существовали меры, основанные на размерах частей человеческого тела. Самой малой мерой длины была длина пальца, затем мера, равная расстоянию от отогнутого большого пальца до указательного. Наиболее употребительной мерой для измерения земли была мера в 162 см. Для счёта употреблялась счётная доска, абак. Доска разделялась на полосы, отделения, в которых передвигались счётные единицы, круглые камешки. Время дня определялось положением солнца. В быту применялось измерение времени сроком, необходимым для того, чтобы сварился картофель (приблизительно 1 час).
Инки обожествляли небесные светила, поэтому астрономия была у них связана с религией. У них существовал календарь; они имели представление о солнечном и о лунном годе. За положением солнца наблюдали для определения сроков сельскохозяйственного цикла. С этой целью были выстроены четыре башни на востоке и на западе от Куско. Наблюдения производились и в самом Куско, в центре города, на большой площади, где была выстроена высокая платформа.
Инки применяли некоторые научные приёмы лечения болезней, хотя широко была распространена и практика магического знахарства. Кроме использования многих лекарственных растений, известны были и хирургические методы, такие, например, как трепанация черепа.
У инков были школы для мальчиков из среды знати — как инков, так и покорённых племён. Срок обучения был четырёхлетний. Первый год посвящался изучению языка кечуа, второй — религиозного комплекса и календаря, третий и четвёртый годы уходили на изучение так называемых кипу, знаков, служивших «узелковым письмом».