Английский флот адмирала Нельсона уничтожил у Абукира корабли, доставившие французский десант, и тем самым лишил французскую армию возможности получать подкрепления и снабжение из Франции. В самом Египте французы столкнулись с сопротивлением народных масс, выступавших против новых захватчиков. К тому же турецкий султан Селим III в ответ на вторжение французов в Египет в сентябре 1798 г. объявил Франции войну, а в начале 1799 г., заключив союз с Россией и Англией, двинул через Сирию войска для наступления против французов.
Бонапарт попытался опередить турок. Ранней весной 1799 г. основные силы французской экспедиционной армии вторглись в южную Сирию и осадили крепость Акку, но после двухмесячной бесплодной осады им пришлось отступить и вернуться в Египет.
Вскоре Наполеон Бонапарт уехал во Францию, передав командование войсками генералу Клеберу. Несмотря на частичные военные успехи Клебера, положение французов в Египте все больше ухудшалось. В Египте росло народное возмущение против французов.
В 1800 г. Клебер был убит арабским патриотом. Год спустя, в августе 1801 г., французские войска, теснимые англичанами и турками, вынуждены были капитулировать и эвакуироваться из Египта.
Вторая коалиция
Тем временем английское правительство прилагало усилия к воссозданию антифранцузской коалиции. Оно особенно стремилось вовлечь в активную борьбу с Францией силы царской России. Захваты, осуществленные французами в 1798 г., создание новых вассальных республик — Батавской (Голландия), Гельветической (Швейцария) и Римской (Папская область), занятие острова Мальты французскими войсками и вторжение их на Ближний Восток — все это облегчало задачу английской дипломатии. Внешнеполитические цели России и Англии на некоторое время совпали.
Разгром французского флота при Абукире, в результате которого в Египте была отрезана лучшая из французских армий, окрылил противников Франции. В конце 1798 — начале 1799 г. возникла вторая антифранцузская коалиция, в состав которой вошли Россия, Англия, Австрия, Турция, Неаполитанское королевство.
Война в Европе возобновилась весной 1799 г. в неблагоприятных для Франции условиях. Армия под командованием Журдана была разбита на территории Германии и отступила за Рейн. Еще более серьезные неудачи постигли французов в Италии. Пройдя стремительным маршем огромные расстояния, русские войска, возглавляемые А. В. Суворовым, в апреле 1799 г. появились в Северной Италии, в конце апреля заняли Милан, а 26 мая вступили в Турин. Воспрепятствовав соединению французских армий Моро и Макдональда, Суворов в трехдневной ожесточенной битве при Треббии (17—19 июня) разгромил армию Макдональда, принудив тем самым к отступлению и армию Моро.
Напуганная всем этим, Директория сместила Макдональда и назначила главнокомандующим Жубера, считавшегося одним из лучших полководцев республики. На него возлагались все надежды. Однако 15 августа в ожесточенном сражении у Нови, длившемся 16 часов, Жубер был убит, его сменил Моро. Несмотря на все свои усилия, Моро не добился победы. Русские солдаты проявили исключительную стойкость. Суворов сам вел свои полки в атаку. К вечеру французы дрогнули и отступили.
Победа Суворова у Нови произвела сильное впечатление в Европе. Во Франции она вызвала панику. Все завоевания французов в Италии, казалось, были утрачены. Суворов стоял у ворот Франции. Однако дальнейшего развития эта победа не получила, так как по настоянию Австрии войска Суворова были направлены в Швейцарию на помощь находившимся там австрийским войскам.
Совершив беспримерный переход через Сен-Готард, преодолев невероятные трудности горной войны, претерпев лишения и недостаток в провианте, оружии и боеприпасах, армия Суворова прошла через Альпы. Однако, когда войска Суворова вступили в Швейцарию, австрийский корпус под командованием эрцгерцога Карла уже покинул страну, и войска Суворова оказались в крайне трудном положении.
К этому времени разногласия между Россией, с одной стороны, и Англией и Австрией — с другой, привели к выходу России из коалиции. Павел I приказал русским войскам возвратиться домой.
Переворот 18 брюмера
Военные неудачи и опасность вторжения неприятельских армий во Францию заставили Директорию принять ряд чрезвычайных мер. Массовый призыв в армию (второй раз после 1793 г.) дал несколько сот тысяч новых солдат. На руководящие посты были выдвинуты некоторые бывшие якобинцы. Вновь был легализован якобинский клуб, в котором приняли активное участие уцелевшие бабувисты. Правительство провело принудительный заем за счет богачей и закон о заложниках, направленный против семей эмигрантов и контрреволюционеров. Хотя на деле Директория не думала проводить последовательную демократическую политику, но эти мероприятия всполошили крупную буржуазию; ей казалось, что опять возвращается 1793 год. С другой стороны, усилилась монархическая опасность. Роялисты вновь подняли восстание в Вандее и наводнили страну вооруженными бандитскими шайками, терроризировавшими местные власти и население.