В 1859 году настоятельница Лодыженская, измученная внутренними неурядицами, решила покинуть Дивеево и уехать обратно в Пензу. Елизавета Алексеевна Ушакова оказалась преемницею ее. При ней разразился самый грозный момент бури в Дивееве, дошедший даже до того, что епископа Нектария Нижегородского, несправедливо ставшего на сторону смутьяниц Иоанновых (теперь уже он назывался Иоасафом), ударили даже по лицу. Тут проявила себя и сестра схимонахини Марфы, Прасковья: била стекла, кричала против архиерея, обличала заводчицу бунта Лукерью Замятину. Но еп.Нектарий продолжал делать по-своему. Ушакова была отстранена от начальствования; на ее место, по жребию, была поставлена архиереем Лукерья. После этого еп.Нектарий от службы шел мимо другой юродивой, Пелагеи Ивановны Серебряковой. Вынув из кармана просфору, он подал ей. “Она молча отвернулась, – рассказывает Анна Герасимовна, ухаживавшая за ней. – Ему бы и уйти: видит – неладно, прямое дело. Кто им, блаженным, закон писал? На то они и блаженные. А он, знаешь, с другой стороны зашел, и опять подает. Как она встанет, выпрямится, да так грозно. И ударила по щеке, со словами: “Куда ты лезешь!” – Видно, правильно обличила, потому что Владыка не только не прогневался, а смиренно подставил другую щеку, и сказал: “Что же? По-евангельски бей и по другой”. “Будет с тебя и одной!” – ответила юродивая. Архиерей уехал. Через 9 дней скончалась Прасковья Семеновна. Узнав об этом, еп.Нектарий пришел в страх и три часа был в ужасном расстройстве. А когда пришел в себя, сказал: “Великая раба Божия она!” – Но воля архиерея – не воля еще Божия!
Попечитель монастыря, Н.А.Мотовилов, не успокоился: исполняя завет батюшки, он отправился в Москву к Митрополиту Филарету – коему все и изложил в Сергиевой Лавре через наместника архимандрита Антония, коему давно-давно о.Серафим предсказал: “Придет время, не оставь моих сирот Дивеевских”.
А Митрополит Филарет доложил Государю Александру II, бывшему тогда в Лавре. Назначена была строгая ревизия. В результате ее Иоасаф Толстошеев был совершенно отстранен от участия в обители; возвращена была начальницею Елизавета Алексеевна Ушакова, противницы были удалены. Они после образовали свой монастырь, в Понетаевке. А Дивеево было изъято из ведения Нижегородского архиерея и передано в управление Тамбовского епископа, каковым тогда был великий подвижник, епископ Феофан, впоследствии – Затворник Вышенский. Начальница Ушакова была пострижена в монашество с именем Мария... Можно представить радость сестер: рыдания их и слезы благодарности Богу и батюшке-молитвеннику за устроение обители были так горячи, как разве при смерти о.Серафима. Сбылись и слова его, сказанные сестре Матрене Петровой: “Запомни, матушка, – у вас на 12-й начальнице устроится монастырь!" Это и была игумения Мария.
Жизнь Дивеева стала расцветать.
Собор, столь давно уже начатый, теперь, при игуменье Марии, быстро стал строиться: и в 10 лет, с 1865 по 1875 год, был закончен. Сестры хотели посвятить его иконе Умиления Божией Матери; но преосвященному Иеремии, человеку духовной жизни (последние 25 лет он жил на покое в монастыре), угодно было, по откровению Божию, посвятить его Пресвятой Троице. Целую зиму 1874 года холодный собор стоял заколоченным... А летом 1875 года епископ Нижегородский Иоанникий неожиданно распорядился освятить его, хотя в нем было всего лишь еще три иконы. День освящения совпал с праздником Умиления Божией Матери, 28 июля. И тут свершилось знамение: во время освящения высоко в небе над храмом все время кружились три голубя, а выше их три журавля, как бы в знамение Пресвятой Троицы. После освящения они улетели на восток. Впоследствии, в 1880 году, был освящен правый придел храма в честь Умиления Божией Матери, а левый был оставлен до открытия мощей преподобного Серафима. В храме потом сами сестры монастыря расписали иконостас и стены. Их к 90-м годам собралось уже до 900 душ. Сам монастырь занимал пространство в 400 саж. длины и 150 ширины. Еп.Иоанникий, обозревая его впервые, сказал: “Это – область, а не монастырь”. Длина собора 21 сажен, ширина 14, а вышина 25. Кроме этого величественного здания, в Дивееве было более 30 корпусов для сестер и потребностей обители: трапезный, свечной, портновский, богадельня, больница, училище, живописный, стекольный, погребной, огородный, садовый, малярный, и пр., и пр... За оградою – две гостиницы, конный двор, пять домов для священников. В ограде монастыря – пруд и т.д. Действительно – целая Лавра женская...