С VIII в. наследственные наделы воинов и чиновников средних и высших рангов стали превращаться в вотчины (сеэн). Государственный контроль над вотчинами ослабевал (хотя налогового иммунитета в Японии не было). К Х в. в стране стали распространенными отношения типа западноевропейской коммендации
(см. § 23), которые стали охватывать и крестьянство, и слои провинциального чиновничества, и воинов многозвенной социально-правовой иерархией. Главной обязанностью патрона в таких отношениях становилась охрана от посягательств извне на его сеэн. Поскольку переоформление надела в вотчину-сеэн требовало участия губернаторской власти, губернаторы стали как бы условными центрами таких коммендационных отношений. Губернаторские управы делались основными органами управления и суда. Провинциальная власть стала назначать уездную. При губернаторах стали формироваться свои армии — из отрядов на провинциальном, уездном, общинном уровнях. Основные вопросы государственной деятельности (распределение земель, налоги, воинская служба) также перешли на провинциальный уровень. Этим была сформирована важная предпосылка формирования феодального по внутренней структуре государства.Новой социальной опорой формирующейся власти феодальных магнатов стало сословие воинов — самураев. За счет богатеющего крестьянства, путем наделения землей младшего чиновничества, сыновей аристократии низших рангов с Х в. сложилось довольно многочисленное сословие феодально обязанных воинов, несущих службу за рисовый «паек» и поместье. Самураи объединялись в отряды и в более крупные группы, нередко по родственному признаку. Такая традиционность формирования сословия в соединении с особенностями синтоистской религии, национальной культуры, а также с жизненной бесперспективностью при потере сюзеренитета воспитала в самурайском сословии особую привязанность к феодальным морально-правовым ценностям — кодекс бусидо («путь воина»). Культивируемая бусидо жертвенность вассалов стала важнейшим инструментом в развернувшейся политической борьбе магнатов.
В XI–XII вв. возникло большинство средневековых японских городов. Их население стало еще одним фактором в развернувшейся борьбе за сословные привилегии. С XI в. известны первые ремесленные и торговые объединения — цехи (дза). Тогда же определилось в сословном отношении духовенство. Буддийские монастыри стали крупными феодалами, содержателями значительных вассальных дружин, отрядов самураев.
Формирование феодально-сословного строя сопровождалось резким падением политической значимости императорской власти. С конца VII в. императорский престол находился под контролем одного из крупнейших аристократических кланов — Фудзивара. С VIII в. клан обязал императора брать жен только из их дома. В IX в. захватил в свои руки посты принца-регента и первого министра (с общим титулом секкэна), поставив под контроль государственную администрацию. Государственное управление приобрело вид неофициальной диктатуры секкэнов. Положение императорской власти свелось до религиозно-придворного главенства. С конца Х в. под нажимом регентов императоры стали регулярно отказываться от престола в пользу малолетних детей, с тем чтобы реальные полномочия власти удерживались секкэнами. Сложился своеобразный институт экс-императоров
(или «монашествующих императоров», поскольку правители удалялись в монастырь). Случалось, некоторые императоры правили сами, без Фудзивара. Однако к XI в. нити государственного управления прочно были захвачены новой системой регентского правления.Окончательное утверждение нового своеобразного двоевластия произошло к концу XII в. После длительного соперничества нескольких знатных феодальных домов (и семейных кланов), среди которых выделялись дома Тайра и Минамото, победу одержали Минамото (1185). Глава рода был пожалован императором в ранг «великого полководца, покоряющего варваров» (сейи-тайсегун), сёгуна. Реально в руки полевой ставки полководца-сегуна бакуфу перешли основные рычаги управления государством. Прежняя раннефеодальная центральная администрация практически распалась, сохранились только ведомства и советы, связанные с придворными делами и священно-религиозными правами императора. Такая новая государственно-политическая организация получила название сёгуната. Опорой режима сегуната стала военно-служилая феодальная иерархия, прежде всего сословие самураев, превратившихся в прямых (гокенины) или опосредованных вассалов сегуна.