Низший уровень федеральной юстиции составили районные суды
. В стране учреждались 13 особых судебных районов (которые не совпадали географически со штатом). В каждом районе действовал 1 федеральный судья (в настоящее время существуют 89 районов с 94 федеральными районными судами в составе от 1 до 27 судей; есть и малые участки). Районный суд рассматривал в основном значительные гражданские дела. Позднее он получил и уголовную юрисдикцию в пределах общефедерального законодательства. Иски с требованием менее 10 тыс. долларов (по критерию сер. XX в.) следовало подавать только в суды штата. Исключительной подсудности районных судов подлежали дела, связанные с мореходством, банкротством, авторским и патентным правом, захватом земель. Спорные дела решались при участии суда присяжных.С 1773 г. под общим началом районных судов стали функционировать посредники — комиссионеры, которые были как бы помощниками федеральных судей. Законодательный статус им был придан в 1817 г. Комиссионерами могли становиться лица, имеющие правовую подготовку. Занимались они главным образом мерами по обеспечению иска, освобождению под залог, разбором мелких правонарушений от имени федерального судьи. Комиссионеры выполняли и некоторые нотариальные функции.
Второй уровень федеральной юстиции составили окружные суды. Первоначально, по закону 1789 г., районные федеральные суды объединялись в 3 округа, и в каждом учреждался суд из трех судей (один — федеральный районный судья по месту нахождения и двое судей Верховного суда). Судьи были не постоянными, а разъездными: приезжали в свой округ для рассмотрения дел на одну-две сессии в год. В конце XVIII в. состав суда был сокращен до одного члена Верховного суда, в 1891 г. Конгресс отменил ежегодные обязательные «путешествия». В 1869 г. окружные федеральные суды были реорганизованы в особую категорию судов, с самостоятельным персоналом и подсудностью. В 1891 г. они преобразовались в окружные апелляционные суды. В федерации учреждалось 11 округов, в которые объединялись районные федеральные суды. В каждом округе действовал суд в составе от 3 до 15 судей (в настоящее время — от 4 до 23 в наибольшем округе, включающем Калифорнию и западные штаты). Судьи могли рассматривать дела как единолично, так и в полном составе округа. В 1911 г. окончательно была установлена только апелляционная юрисдикция окружных судов: в них разбирались обжалования на решения районных судов. В подавляющем большинстве случаев окружные суды были последней инстанцией судебного рассмотрения.
Высший уровень федеральной юстиции представлял Верховный суд.
Рассмотрению в нем подлежали дела исключительной компетенции, где штат был одной из сторон, либо иски к представителям иностранных государств, споры между штатами. В порядке апелляции в него также могли вноситься только такие дела, когда в ходе рассмотрения вставали проблемы законности или конституционности договора, либо когда затрагивались «существенные федеральные вопросы». В общем виде Верховный суд сам решал, какое дело принимать к своему рассмотрению в порядке апелляции (в конце XIX в. в него поступало до 400 прошений в год из низших судов о т. н. сертиорарии — оставлении дела у себя для рассмотрения; удовлетворялось не более 10 % прошений).Судей всех федеральных судов назначал президент с согласия Сената. Согласно специальному закону — Акту о регулировании судебных процессов (1789) — федеральные суды руководствовались в своей деятельности процедурой, признанной для судов общего права и права справедливости совместно. В 1873 г. был составлен специальный Свод законов о судоустройстве, замененный в 1911 г. Судебным кодексом.
Помимо основных федеральных судов, на протяжении XIX — начала XX в. сформировались специальные суды: территориальные, которые разбирали дела на особых территориях (Гуам, тихоокеанские острова и т. п.), таможенные, налоговые. Своя особая система судов сложилась в федеральном округе Колумбия. Отдельную часть федеральной юстиции составили военные суды, которые действовали непостоянно. Наиболее важной их особенностью стало то, что решения военных судов ни в коем случае не подлежат внесению в Верховный суд.
Наиболее своеобразным, самостоятельным судебным органом стал Претензионный суд
(учрежден в 1855 г.). Он был образован для сбора претензий частных лиц к казне Соединенных Штатов. Первоначально эти требования не носили вполне искового характера, поскольку в XVIII–XIX вв. казна считалась неответственной за вред, причиненный действиями ее агентов частным лицам, и рассмотрению подлежали только долговые и подрядовые обязательства. С сер. XIX в. Верховный суд выступил с инициативой пересмотра прежней судебной идеи о суверенном иммунитете государств. Претензионный суд превратился в полноценный орган с правом выносить решения по существу (1862). Правда, окончательное признание судебной юрисдикции этого органа и ответственности казны за причиненный ею вред растянулось почти на сто лет.