Основным правительственным органом в этот период стал Комитет общественного спасения.
Созданный еще в апреле 1793 г. Комитет под руководством Дантона был всего лишь чрезвычайным исполнительным органом, контролирующим внешнеполитическую и военную деятельность. После июньского переворота состав Комитета был обновлен, его политическим руководителем стал Робеспьер. Формально Комитет был подотчетен Конвенту, который ежемесячно определял в него 12–15 депутатов. Однако с июля 1793 г. Конвент только санкционировал предложения Робеспьера, неизменного его председателя, по составу. Комитет располагал исключительными полномочиями правительственного характера — по руководству внутренней и внешней политикой, текущему управлению. Декретом 10 октября 1793 г. в стране устанавливался т. н. «революционный порядок управления». Согласно ему, конституционные республиканские органы (Исполнительный совет, министры) и высшие должностные лица, административные учреждения ставились под прямой контроль Комитета общественного спасения. Ему же впредь подчинялись главнокомандующие армиями. Неисполнение распоряжений правительства рассматривалось как «покушение на народную свободу» и соответствующим образом каралось. Для лучшего контроля в составе Комитета были организованы секции, каждой из которых вменялось в обязанность надзирать за работой своего министра.Параллельно организовался ряд других правительственных комитетов, формально занимавшихся самостоятельными функциями, а также чрезвычайных институтов управления. Одним из видных был Комитет общественной безопасности (организованный еще в октябре 1792 г. в качестве органа борьбы с врагами революции). Он практически не функционировал, и его деятельность оживилась только с развертыванием массового политического террора в стране. В апреле 1793 г. был создан институт народных представителей в армии. В каждую из 11 армий Конвент назначал по 3 народных представителя с неограниченными полномочиями, которые не только контролировали «правильное направление» собственно военной деятельности, но главным образом работу тыловых служб, поставщиков, а также взаимоотношения офицеров. В марте 1793 г. образовались революционные наблюдательные комитеты, которым вменялось в обязанность контролировать на местах подозрительных иностранцев, вести списки подозрительных по своей антиреволюционной позиции лиц, а также родственников эмигрантов. Комиссары ревкомов стали к осени 1793 г. основными правительственными агентами власти на местах, подавляя под предлогом слабой «революционности» ранее сложившиеся местные органы самоуправления.
Легализирование сосредоточения властных полномочий в руках исполнительных органов и преобразование роли Национального конвента произошло согласно учредительному закону 4 декабря 1793 г. «О революционном порядке управления». Национальный конвент был объявлен «центром управления» и единственной движущей силой государства; по сути, законодательство и правительственная власть были слиты воедино. В продолжение декрета от 10 октября 1793 г. все «установленные власти и общественные должностные лица» ставились в прямое подчинение Комитету общественного спасения. Все, что «касалось личности и полиции», подчинялось Комитету общественной безопасности. Комитеты должны были регулярно отчитываться перед Конвентом. Усилена была централизация управления: прокурор Парижской коммуны в силу значимости своего столичного поста был сделан национальным должностным лицом, вся тяжесть решения местных вопросов перенесена только в департаменты, практически было уничтожено коммунальное самоуправление, низовая выборность, комиссаров на места направляло только правительство. Было предписано распустить департаментские армии, запрещались какие-либо местные налоги или натуральные повинности.
25 декабря 1793 г. Робеспьер выступил в Конвенте с речью, в которой обосновал принципиальные якобы отличия революционного правительства от конституционного: революционное занято чрезвычайной деятельностью, оно подчинено менее строгим правилам и вообще в стороне от права, оно занято главным образом общественной безопасностью, нежели делом политической свободы. «Нужно организовать деспотизм свободы, чтобы раздавить деспотизм королей». Отрицание права рядом с возвеличиванием некоей отвлеченной народной «добродетели» было подразумеваемой стороной новой политической доктрины: «Революционное правление опирается в своих действиях на священнейший закон общественного спасения и на самое бесспорное из всех оснований — необходимость».
Это была и идейно-политическая, и практически-административная программа диктатуры — во-первых, диктатуры исполнительной власти (практически слившейся с законодательной), во-вторых, диктатуры одного политического течения — якобинцев, присвоивших себе право толковать революционную необходимость.