А в 2002 году закончилась гегемония спартаковцев, и этим воспользовались «Локомотив» и ЦСКА, набравшие по шестьдесят шесть очков после тридцати игр. По количеству побед на первое место вышел ЦСКА – двадцать одна победа против девятнадцати у «железнодорожников», хотя в очных встречах армейцы уступили, 0:1 и 0:0. Однако по регламенту чемпионата следовало провести матч за первое место. Благодаря голу Дмитрия Лоськова звание чемпионов России завоевали футболисты «Локомотива». Если учесть победы в розыгрыше Кубка России 2000 и 2001 годов, а также выход в 1/2 розыгрыша Кубка обладателей кубков, то следует признать, что российская футбольная элита пополнилась ещё одним, весьма перспективным клубом.
Итак, планомерное усиление состава (Лоськов, Евсеев, Сенников, Обиора, Сергей Игнашевич) и возвращение в команду вратаря Сергея Овчинникова (всего четырнадцать пропущенных мячей за сезон 2002 года) принесло свои плоды, хотя, с другой стороны, победа «Локомотива» не стала безоговорочной. Но такова уж спортивная жизнь – у одной команды наступает спад, а другая на подъёме. Тут главное, чтобы тренер с умом распорядился теми ресурсами, которые есть у него под рукой. Юрию Сёмину это удалось.
В том же году завершилось строительство стадиона «Локомотив» в Черкизове, но это уже заслуга не тренера, а руководства РЖД, которое не теряло надежды на успешное выступление команды. Поводов для радости в 2002 году было хоть отбавляй, но вслед за этим нередко наступает спад в игре. Следующий сезон команда завершила лишь на четвёртом месте, несмотря на то, что Лоськов стал лучшим бомбардиром чемпионата, забив четырнадцать голов, а пятеро железнодорожников были признаны лучшими в своих категориях. Однако команде не хватало сильного игрока в линии атаки – эта проблема была решена в 2004 году, когда после неудачного вояжа в марсельский «Олимпик» вернулся на родину Дмитрий Сычёв. Пятнадцать голов в том сезоне забил Сычёв, шесть – Дмитрий Хохлов, пять – Данияр Билялетдинов, четыре – Лоськов. Такой эффективной игре атакующего звена вроде бы могла позавидовать любая команда, однако по числу забитых мячей «железнодорожники» оказались лишь на пятом месте. Пожалуй, залогом успешного выступления команды в том году стала надёжная игра в обороне – всего девятнадцать пропущенных мячей. В итоге «Локомотив» сумел в трудной борьбе опередить на одно очко ЦСКА и завоевал золотые медали.
А затем случилось то, что разрушило тщательно отлаженный механизм под названием ФК «Локомотив» – Юрий Сёмин принял предложение возглавить сборную России. Понятно, что для любого тренера это большая честь, но и ответственность немалая. Прежде, чем соглашаться на такое предложение, необходимо оценить все возможные последствия – и для сборной страны, и для своей команды. Сёмин рассчитывал на совмещение должности главного тренера сборной и клуба, однако в РФС решили по-иному – было обещано возвращение в клуб после завершения отборочного цикла сборной. Этот вариант устроил и руководство РЖД, и президента клуба – вероятно, там решили, что отлаженный механизм будет эффективно работать и без Сёмина. Не исключено, что для них Сёмин был хорош, когда надо было создавать сильную команду, ну а когда дело было сделано, на первый план вышли соображения иного рода. Трудно управлять человеком, который возродил команду после длительного прозябания в первой лиге, дважды привёл «Локомотив» к завоеванию Кубка страны и к золотым медалям чемпионов, но вместе с тем по каждому вопросу имеет собственное мнение, не всегда совпадающее с мнением руководства клуба.
В сложившейся ситуации Сёмину следовало бы отказаться от работы в сборной, но очень уж хотелось попробовать свои силы на новом месте, да и положение сборной в отборочной группе Евро-2006 было таково, что нужен был спаситель, ну а Сёмину спасать футбольную команду не впервой. Вот только «Локомотив» он вёл к чемпионству пятнадцать лет, а тут нужно было добиться положительного результата за несколько месяцев.
Увы, вывести сборную России в финальный турнир не удалось, а возвращаться «битым» в родной клуб Юрий Павлович не захотел, тем более что Владимир Эштреков вроде бы вполне успешно продолжал его дело. Не мог же Сёмин прийти и сказать: всё, твоя миссия завершена, поскольку это место было мне обещано. По сути, его уход из команды был заранее предрешён решением президента РФС Мутко, решением странным, если не сказать – направленным на развал ФК «Локомотив».