Важным топонимическим термином является понятие топонимического субстрата.
Слово субстрат в буквальном переводе означает подслой. Вероятно, именно так его бы и стоило назвать, но термин субстрат уже устоялся в научной литературе. Субстратом принято называть пласт названий, происходящих из языка народа, раньше жившего на данной территории. Например, многие топонимы Германии имеют славянское происхождение: Шверин (славянское Зверин), Дрезден (по славянскому племени дреджан отГлавная опасность, подстерегающая начинающего топонимиста, — излишнее доверие к легендам о происхождении тех или иных географических названий. Так, в Рузском районе Московской области жители верят в легенду, что название местного села Аннино происходит от того, что Иван Грозный якобы заточил в церковь этого села свою сестру Анну. В действительности же у царя Ивана не было сестер, а церкви, в отличие от монастырей, никогда не служили местами заточения. Название же, вероятно, происходит от имени владелицы. Некоторые топонимические легенды носят комический характер: о Яхроме, возле которой княгиня, оступившись, жалобно закричала: «Я хрома», о Ворскле, уронив в которую подзорную трубу Петр I воскликнул почему-то по-старославянски: «Вор скла» (т. е. стекла) и т. д. Для всех них характерно, что в представлении их создателей название возникает как следствие случайно произнесенной фразы. Распространителям таких легенд обычно остается неизвестной подлинная история топонима, бытовавшего, как правило, задолго до жизни тех деятелей, которым приписывается историческая фраза.
Другая ошибка близко связана с предыдущей: попытка подобрать, не задумываясь о формантах, законах языка, истории народа и территории, подходящую этимологию. В этом случае этимологизатор создает новую топонимическую легенду, отличающуюся от народных в худшую сторону: в ней нет элементов фольклора. Так, один литератор пытался произвести название села Кидекша от русского глагола покидать, не обращая внимания на необъяснимый из славянских языков формант —
Невнимание к истории может подвести и серьезного ученого. Так, один из крупнейших русских лингвистов академик А.И. Соболевский пытался связать с ираноязычными скифами название деревни Сибирь в Смоленской губернии (ученый ошибочно, как впоследствии выяснилось, считал скифским и название Сибирь). Однако на самом деле смоленская деревня была самой глухой из вотчин графов Шереметевых, куда они ссылали провинившихся крепостных, домашней шереметевской «сибирью» (одно из отономастических значений слова Сибирь — место ссылки).
Изучать топонимические субстраты легче всего по названиям рек и озер (гидронимам): эти названия, особенно крупных рек, наиболее стойки. Одним из древнейших языковых слоев в гидронимии является иранский, оставленный скифскими и сарматскими племенами, обитавшими в степной зоне в I тыс. до н. э. — I тыс. н. э. С этими ираноязычными народами связаны названия крупнейших рек степной зоны — Дона, Днепра, Днестра и Дуная. В их названии присутствует корень