Самые сытые, одетые и хорошо вооруженные батальоны Красной армии не сражались на передовой с немцами. Это были части НКВД, непосредственно подчиненные Лаврентию Берии, человеку, стоявшему во главе тайной полиции и концентрационных лагерей. Батальоны, НКВД, приданные армейским частям, должны были находиться за передовыми частями и расстреливать всех, кто пытается отойти назад, а также организовывать «заграждения», чтобы гнать солдат в атаку на минные поля под артиллерийским и пулеметным огнем. Войска, которым удалось вырваться из окружения, встречали совсем не как героев. Наоборот, этих солдат отправляли в штрафные части и расстреливали. Дочь Сталина Светлана вспоминает, как люди Берии «осуществляли ликвидацию целых воинских частей, весьма многочисленных, которые во время стремительного продвижения немцев по Белоруссии и Украине оказались отрезаны от своих, а затем, вопреки всему, пробились назад к линии фронта».
В тылу обеих сторон шла не менее кровавая бойня, чем на фронте. Советская военная полиция уничтожала трусов и дезертиров, а немецкие войска СС убивали безоружных мужчин, женщин и детей на том лишь основании, что они, возможно, родились евреями. 28 августа отряд СС, действовавший в Литве, прилежно записал в журнале боевых действий, что в этот день было убито 710 евреев-мужчин, 767 женщин-евреек и 599 детей еврейского происхождения. На следующий день генерал СС Франц Якельн, чья часть действовала под городом Каменец-Подольский, приблизительно в 200 милях от ставки фельдмаршала Рундштедта, отрапортовал, что его люди расправились с депортированными венгерскими евреями, которых отказалось принимать назад правительство Венгрии. За три дня его подчиненные уничтожили 23 600 человек. Фон дем Бах-Зелевски, чья часть действовала в тылу группы армий «Центр» фельдмаршала Бока, утверждал, что в начале августа его солдаты убили 30 000 человек, в то время как кавалерийская бригада СС казнила 7819 человек в Минске.
Донесения отрядов палачей зашифровывались с помощью «Энигмы» и передавались в Берлин по радио. Сотрудники Блетчли-Парка их перехватывали, дешифровывали и включали в общий обзор перехватов, передаваемых на ознакомление премьер-министру. Черчилль был так тронут известиями об этой безумной кровавой бойне, что 25 августа в радиообращении, переданном на весь мир, сказал о «десятках тысяч хладнокровно казненных мирных жителей» на оккупированных территориях Польши и России. Однако точных данных он привести не мог, так как это могло бы выдать тайну «Энигмы».
Нацисты не терпели критику провозглашенной Гитлером «войны на уничтожение». Даже немецкие офицеры были беззащитны перед тайной полицией, которая могла быть всюду. Один немецкий военный врач, присутствовавший при массовых убийствах евреев в тюрьме в Севастополе, осуществленных войсками СС, сказал:
«Если бы кто-нибудь выступил с осуждением этого преступления или попытался предпринять какие-то шаги, чтобы ему помешать, он исчез бы бесследно в течение двадцати четырех часов. Одной из самых изощренных хитростей нашей тоталитарной системы было то, что она не давала своим противникам возможности умереть мученической смертью за свои убеждения».
Гиммлер после присутствия на казни, во время которой он был забрызган кровью и мозгами жертв, распорядился найти новые способы массовых умерщвлений. В августе 1941 года в концлагере Освенцим для умерщвления русских военнопленных впервые был применен промышленный пестицид «Циклон-Б». После этого фирма-изготовитель «И. Г. Фарбениндустри» получила заказ изготавливать газ без специальных раздражающих примесей, предупреждавших коммерческих пользователей об опасности. Заказ был выполнен. Нацистская машина смерти перешла на режим массового производства.
К тому времени, как танковая группа Гудериана, завершив маневр в сторону Клева, вернулась в состав группы армий «Центр» и продолжила наступление на Москву, уже наступил октябрь и приближалась зима. Войска фон Бока насчитывали 70 дивизий, в том числе 14 танковых и 8 моторизованных. Наступательная операция получила кодовое название «Тайфун», и полученный из «Вольфшанце» приказ гласил: «Последняя крупная битва этого — года будет означать полное уничтожение противника».
Генерал Гудериан, к тому времени получивший заветный дубовый венок Рыцарского Креста, отметил в тот день две перемены, впоследствии, как оказалось, имевшие большое значение: