Даже при настоящем положении Япония испытывала огромные трудности из-за нехватки нефти. Важнейшим стратегическим фактором, создавшим такое положение, были действия американских подводных лодок, которые топили японские танкеры. Значительное уменьшение запасов нефти вызвало сокращение программы подготовки летного состава авиации. Это привело также к необходимости держать японский флот в Сингапуре, ближе к источника снабжения, и, когда он вышел для выполнения боевой задачи, у него не было достаточных запасов топлива, чтобы вернуться назад.
На этом этапе войны вооруженные силы Соединенных Штатов вполне могли обойти Филиппины и сделать следующий «скачок» на Формозу или на острова Иводзима и Окинава. Именно на этом настаивали адмирал флота Кинг и некоторые другие военно-морские начальники. Однако политические соображения и стремление Макартура с триумфом вернуться на Филиппины взяли верх над доводами в пользу обхода этих больших островов
Было признано необходимым до вторжения на Филиппины захватить несколько небольших объектов. Первоначально планировалось захватить острова Моротай, вблизи острова Хальмахера (западнее Новой Гвинеи), острова Палау, острова Яп и Талауд, острова Минданао, а также построить передовые авиационные и военно-морские базы для обеспечения главного удара на Филиппины. Командующий 3-м флотом (этот флот назывался 5-м, когда находился в подчинении Спрюэнса) адмирал Хэлси установил, что оборона филиппинского побережья очень слаба, и предложил отменить промежуточные этапы операции. Однако это предложение не было принято, поскольку боевые действия уже фактически начались и их успех рассматривался как дополнительная гарантия общего успеха.
Отряд войск Макартура 15 сентября высадился на острове Моротай, преодолев незначительное сопротивление, и к 4 октября американская авиация уже действовала с аэродрома, построенного на этом острове. 15 сентября силы адмирала Хэлси вторглись на острова Палау и за несколько дней заняли большую их часть. Тем самым они получили передовые аэродромы, расположенные всего в 500 милях от острова Минданао, больше чем на полпути от острова Гуам.
Теперь два основных направления наступления на Тихом океане – Макартура и Нимица – сблизились и их силы находились на расстоянии, позволяющем осуществлять непосредственную поддержку друг друга.
Японский план обороны Филиппин, известный под названием «SHO-1»