Получив указания Берии (17-го или 18 июня 1941 года) об организации разведывательно-диверсионного аппарата на случай начала войны, я столкнулся с исключительно сложным вопросом: каким образом самостоятельная служба диверсий и разведки будет действовать в прифронтовой полосе и ближайших тылах противника во взаимодействии с военной контрразведкой? Ведь в прифронтовой полосе именно она олицетворяла действия органов госбезопасности.
Как известно, в феврале 1941 года особые отделы, военная контрразведка были переданы в оперативное подчинение наркомата обороны. Встал вопрос: кому непосредственно должна быть подчинена военная контрразведка – военному руководству или наркому госбезопасности? Четко отработанного механизма двойного подчинения не было. Военная же контрразведка не может работать эффективно, не опираясь на общие директивы по обеспечению госбезопасности в Вооруженных силах.
Накануне войны был создан так называемый межведомственный совет НКВД-НКГБ и наркомата обороны по координации работы военной контрразведки.
20 июня 1941 года, когда стало совершенно очевидно, что от начала войны нас отделяют считанные дни, я получил задание создать специальную группу, которая, будучи задействованной в разведывательно-диверсионных операциях, имела бы возможность самостоятельно осуществлять диверсионные акции в ближайших тылах противника. Разработкой этого задания мы занялись вместе с Эйтингоном, Мельниковым. Сразу же возник вопрос: как создаваемый аппарат должен взаимодействовать с остальными оперативными подразделениями? Ведь Берия, возглавляя НКВД, не являлся наркомом государственной безопасности, а указание о создании аппарата давал он как заместитель председателя Совета народных комиссаров, то есть заместитель руководителя правительства. Имелось в виду, что опираться этот специальный аппарат должен как на НКГБ, так и на НКВД, поскольку именно в его прямом подчинении находились пограничные и внутренние войска, то есть основные воинские части, которые предполагалось задействовать в диверсионных операциях.
Война продиктовала очередной поворот в реорганизации органов безопасности и внутренних дел. Военная контрразведка вернулась в аппарат НКВД, было восстановлено управление особых отделов и фактически слиты аппараты НКВД и НКГБ в расширенный наркомат внутренних дел. В условиях начавшихся военных действий, наших неудач на фронте такая централизация функций по обеспечению госбезопасности страны и охраны общественного порядка была оправданной.
За день до начала войны на меня и небольшой аппарат группы в составе Н. Эйтингона, Н. Мельникова, В. Дроздова, А. Камаевой и А. Кочергиной легли нелегкие задачи, связанные с передачей в наше распоряжение агентуры других оперативных служб НКВД для использования их против немецких спецслужб. Эту агентуру надо было срочно изучить на предмет ее пригодности к действиям в условиях военного времени, поэтому и встал вопрос о перепроверке агентурных возможностей НКВД в целом. Я начал активно взаимодействовать с контрразведывательным управлением П. Федотова, транспортным управлением С. Мильштейна и секретно-политическим управлением, которое возглавлял Н. Горлинский. Речь шла и о том, чтобы в дополнение к имеющейся у нас агентуре добавить и ту, которая находилась на приграничных территориях, для чего нашему разведывательно-диверсионному аппарату необходимо было наладить прямую связь с их территориальными органами и центральным аппаратом контрразведки. Мы ожидали, что основные события развернутся именно там. Речь шла не только о предотвращении широкомасштабных провокаций на всей границе от Белоруссии до Черного моря, но и о развертывании разведывательно-диверсионной работы в ближайших тылах немецких соединений, если они перейдут границу. Сразу же стало очевидным, что агентуры, которой мы располагали, было недостаточно.
Кроме того, специальных воинских подразделений, к которым можно было бы подключить агентурно-оперативные боевые группы для партизанской войны в тылу противника, не существовало. Правда, мы могли рассчитывать на особый резерв Коминтерна, имевший боевой опыт партизанской войны в Испании.
Эйтингон занялся координацией будущих действий с Генштабом и с командованием Красной армии в приграничных округах. Контакта с командующим войсками особого Белорусского округа Д. Павловым у него не получилось. Но наладились хорошие рабочие отношения с организатором спецназа и партизанских отрядов в период финской войны полковником Разведупра Красной армии X. Мамсуровым.