Под влиянием протестантской канонической системы Петр начинает «модернизировать» Православную Церковь. В результате чего даже была введена и инквизиция, из которой, к счастью, ничего не вышло. В 1700 году Петр запрещает Патриаршество, которое заменяет Синодом, а в январе 1701 года дом Патриарха, все архиерейские и монастырские дела передает в «монастырский приказ». Этот приказ начинает заведовать монастырскими вотчинами и творить в них суд. Так как протестанты обходятся без черного духовенства, Петр искореняет монашество: повелевает выгнать из монастырей всех послушников; всех проживающих в монастырях девиц, велит выдать замуж и не принимать в монахини женщин моложе сорока лет. Наступает полный запрет монахам вмешиваться в управление монастырских вотчин. Все доходы идут в монастырский приказ. 26 января 1723 году Петр издает Указ, в котором велит «отныне впредь никого не постригать, а на убылые места определять отставных солдат». Эти «европеизаторские» нововведения были настолько разрушительны, что уже к 1740 году Синод серьезно опасается в том, что монашество совсем исчезнет в России.
Помимо этого великорусские архиереи заменялись малороссами,
Одним махом Петр узаконил упразднение патриаршества, обезглавившее русскую церковь; «обмирщил» русское государство, носившее до той поры религиозный облик. Одним росчерком пера Петр уничтожил все, что было сделано на протяжении веков.
Петр заставляет строить церкви не с куполами, а по европейскому образцу с острыми шпилями. Заставляет по-новому звонить, писать иконы не на досках, а на холсте. Велит разрушать часовни. Приказывает «мощей не являть и чудес не выдумывать». Запрещает жечь свечи перед находящимися вне церкви иконами. А о тех, кто на исповеди признается священникам в недоброжелательном отношении к его замыслам, Петр
Церковная «реформа» Петра была сознательным всесторонним переходом с русской религиозной точки зрения, на западную, протестантскую точку зрения. В результате создания Синода Церковь стала одним из государственных учреждений. В нарушение всех церковных канонов в состав Синода могли входить не только представители белого духовенства, но и миряне. Более того, сначала в Синод хотели ввести и
Трудно перечислить все насилия против Православной Церкви, которые осуществил Петр. Федор Михайлович Достоевский так оценил результаты церковной реформы: «Русская церковь в параличе с Петра Великого. Страшное время». Даже турки, завоевав Византию, не обращались с православной церковью так, как обращались с нею при Петре.
Одновременно в первые годы своего правления Петр создал «Всешутейший, всепьянейший и сумасброднейший собор», которым развлекался всю жизнь. Придуман был данный собор не самим Петром, а по совету Лефорта и Гордона — протестантов, ненавидящих православие. Нашлись и русские христопродавцы, добросовестно и весело выполнявшие сие богохульное дело. «Патриарх» носил на голове жестяную «митру» с изображением Бахуса верхом на бочке; глиняная фляга с колокольчиками изображала панагию, а «евангелием» служил ящик в форме книги, внутри которой находились склянки с водкой. В вербное воскресенье, когда русский народ постился, молился и украшал иконы вербами, «православный» русский царь устраивал церемонию «шествия на осляти»: «патриарха» сажали на верблюда и вели в сад на берегу Москвы-реки к винному погребу. Затем следовала грандиозная попойка, после чего пьяная компания разбредалась по домам. Бывало «всепьянейший собор» Петра устраивал кощунственную покаянную процессию: «Его всешутейшество», окруженный своими подручными в вывороченных полушубках, выезжал на ослах и волах, или в санях, запряженных свиньями, козлами и медведями.
Только что отстроенный дворец Лефорта «освятили» в честь Вакха: кадили табачным дымом, а «патриарх» благословлял всех крестом, сделанным из перекрещенных табачных трубок. Затем во дворце началась продолжавшаяся двое суток попойка.