Развитие геногеографических исследований начиная с 1990-х гг. привело к появлению ряда интересных гипотез о происхождении и генетических связях народов Африки, часть из которых коррелирует с данными сравнительного языкознания. Эти гипотезы подробно описаны в ряде работ итальянского учёного Л. Кавалли-Сфорца и его коллег. В их работах народы Африки разделены на четыре основных генетических типа:
а) кавказоидный тип жителей Северной Африки и Африканского Рога;
б) негроидный тип, распространённый на большей части территории континента южнее Сахары;
в) пигмеи, небольшие очаги распространения которых рассеяны по обширной территории Субэкваториальной Африки;
г) койсаноиды Южной Африки [Cavalli-Sforza et al. 1994].
Нетрудно заметить, что народы первого типа в основном говорят на афразийских языках, а последнего – на койсанских языках. Негроидный тип, согласно выводам авторов, распространялся по континенту с северо-запада на юго-восток из районов Сахары и Сахеля. Высчитывая «генетическое расстояние» между представителями различных языковых семей Западной Африки, авторы выделяют три родственные группы: народы Сенегала, народы Нигерии и широкое объединение народов Западной Африки, включающее носителей языков манде, гур, кру, а также ряда языков семьи ква на западе Нигерии.
В то же время наблюдаются серьёзные различия на генетическом уровне между указанными тремя группами популяций и, например, носителями чадских и нило-сахарских языков. Среди атлантических народов Западной Африки выделяется небольшая группа носителей языка бедик
, генетические данные которых оказались весьма далеки от данных других народов атлантической семьи языков. Что же касается пигмеев бассейна р. Конго и Великих озёр, говорящих сегодня на языках банту (народности ака, мбути, бака и др.), то данные генетики позволяют утверждать, что пигмеи представляют особую группу, не связанную родством с другими народами Тропической Африки. О том же свидетельствует и мощный субстратный слой в языках центральноафриканских пигмеев, где до 30 % лексического фонда (в основном природной лексики и профессиональных терминов охоты и собирательства) имеют неизвестное происхождение.Сам Кавалли-Сфорца признавал, что банк данных, находящийся в его распоряжении, пока слишком мал, чтобы делать однозначные выводы. Однако эти и другие работы по генетике и генетической географии, при всей критике, звучащей в их адрес в последние годы, могут в перспективе стать большим подспорьем при анализе лингвистических данных.
В настоящее время крупнейшими зарубежными школами африканского языкознания являются университеты и научные центры Германии, Франции и США. Среди наиболее успешных центров следует назвать Институт эволюционной антропологии Макса Планка в Лейпциге, Национальный центр научных исследований (CNRS) в Париже, университеты Лейдена, Кёльна, Берлина, Университет Гёте во Франкфуртена-Майне, научный институт Музея Центральной Африки в Тервюрене, Университет Калифорнии (Беркли), Стэнфордский университет. Эти и другие университеты содержат лаборатории и центры изучения африканских языков, осуществляют преподавание африканских языков и основ африканского языкознания, направляют ежегодные экспедиции по сбору материалов по языкам Африки. Крупнейшими периодическими изданиями, посвящёнными африканским языкам, следует назвать Africana Linguistica (издаётся Тервюренским музеем), Journal of African Languages and Linguistics (издаётся немецким издательском De Gruyter Mouton) и Studies in African Linguistics (Портлендский университет).
В самой Африке можно выделить ряд научных центров, успешно работающих в сфере изучения языков континента. Среди них – университеты Нигерии, Кот-д’Ивуара, Буркина-Фасо, Камеруна, Танзании, в Северной Африке – научные центры Египта и Туниса. Особое место занимают южноафриканские научные центры, в первую очередь Университет Йоханнесбурга, где работа по описанию и исследованию языков Африки началась ещё в начале XX в.