Как бы ни были велики научные заслуги О. О. Розенберга, основателем отечественной буддологической школы стал все-таки не он, а его старший современник, коллега и отчасти учитель академик Ф. И. Щербатской (1866–1942 гг.). Щербатской получил превосходное санскритологическое образование в Петербургском и Венском университетах. В Вене он стажировался у крупнейшего европейского санскритолога Г. Бюлера, учебник которого он позднее (Стокгольм, 1923) перевел на русский язык; по нему и сейчас занимаются все студенты-индологи в российских востоковедных вузах (переиздан петербургским издательством «Лань» в 1999 г.). В 1893 г. Щербатской вернулся в Россию, но первоначально занимался не научной, а общественной деятельностью (был земским гласным и уездным предводителем дворянства). Только в 1899 г. он возвращается в науку и работает в Бонне с немецким буддологом Якоби. В 1900 г. он становится приват-доцентом кафедры санскритологии факультета восточных языков Петербургского университета, оставшись преподавателем университета на всю свою жизнь. В 1918 г. он становится действительным членом Российской академии наук. В 1928 г. Ф. И. Щербатской становится директором Института буддийской культуры (ИНБУК) АН СССР, просуществовавшего, к сожалению, только два года и растворенного в 1930 г. в только что созданном Институте востоковедения, в котором Ф. И. Щербатской стал заведующим индо-тибетским кабинетом. Последние годы жизни Щербатского были очень тяжелыми. Большинство его учеников и коллег было репрессировано и казнено по нелепым обвинениям. Его самый выдающийся ученик Е. Е. Обермиллер умер от рассеянного склероза. Сам академик подвергся настоящей травле как идеалист-неокантианец, проповедующий реакционные взгляды и занимающийся реакционной «индийской поповщиной». Его работы издаются в России, но только по-английски. После начала войны Щербатской вместе с другими академиками оказывается в эвакуации в Боровом (Казахстан), где он и умер 18 марта 1942 г. А вместе с ним умирает и классическая отечественная буддология, уже никогда не оправившаяся от ударов, нанесенных ей сталинскими репрессиями.
Крупнейшими трудами Ф. И. Щербатского являются монографии «Теория познания и логика по учению позднейших буддистов» (т. 1–2. СПб., 1903–1909 гг.), The Central Conception of Buddhism and the Meaning of the Word Dharma («Центральная концепция буддизма и значение слова “дхарма”». Лондон, 1923 г.), The Conception of Buddhist Nirvana («Концепция буддийской нирваны». Ленинград, 1927 г.) и The Buddhist Logic («Буддийская логика», т. 1–2. Ленинград, 1930–1932 г.). Кроме этого, Щербатской был автором многочисленных статей, переводов небольших буддийских текстов и публикаций в серии «Bibliotheca Buddhica».
Первая из названных выше монографий посвящена учению логико-эпистемологической ветви школы йогачара (Дхармакирти и Дхармоттара), вторая – философии мадхьямаки и пониманию мадхьямиками нирваны, третья – опять логико-эпистемологическому направлению йогачары.
Уже из этого видно, что Щербатской и его школа занимались по преимуществу буддийской философией в ее самых рафинированных формах, причем подчас значение философского уровня буддийской традиции этой школой даже абсолютизировалось, рассматриваясь вне религиозно-доктринального и йогического контекста буддизма. Для описания буддийской философии Ф. И. Щербатской использовал терминологию и инструментарий неокантианской философии, представленной в России прежде всего такими мыслителями, как А. Введенский (один из учителей Ф. И. Щербатского) и И. Лапшин (интересно, что с Лапшиным по философским вопросам консультировался и О. О. Розенберг). Одновременно Ф. И. Щербатской продемонстрировал принципиально новый подход к переводу буддийского философского текста, отвергнув традиционный филологический перевод и обосновав необходимость философски адекватного перевода классических буддийских текстов. Не филологи, а философы должны изучать буддийскую мысль, утверждал академик. Еще одним важным методологическим положением школы Щербатского стало требование рассматривать историю буддийской философии в контексте ее полемики с оппонентами, прежде всего с философскими школами брахманизма, поскольку вне конкретного историко-философского контекста многое в развитии буддийской мысли не может быть понято.