До логической реформы Дигнаги – Дхармакирти все индийские философы (как буддийские, так и брахманские) пользовались логическими методами брахманистской школы ньяя. Теперь буддизм стал значительно сильнее в области логики и эристики, чем брахманизм, и буддисты стали очень опасными оппонентами в традиционных диспутах. Но здесь мы сталкиваемся с историческим парадоксом: с одной стороны, буддисты стали практически непобедимыми диспутантами, а с другой – именно в эпоху расцвета поздней йогачары буддизм окончательно утрачивает свои позиции в общеиндийском масштабе, уступая все больше и больше натиску возрождающегося индуизма. Видимо, экзальтированная любовь к личному Богу (бхакти), которую проповедовали и воспевали индуистские аскеты-бхакты альвары и наянары, и вера в блаженное слияние с божественным Возлюбленным оказались ближе и нужнее народу, нежели ученое превосходство и диалектический блеск буддистов. К тому же в это время в рамках брахманской индуистской традиции окончательно сформировалась философская система, известная как адвайта-веданта («недвойственная веданта»), созданная в VII–IX веках Гаудападой и Шанкарой (Шанкарачарьей). Эта система удачно сочетала в себе сильные стороны буддийской философии (противники даже называли Шанкару тайным буддистом) и индуистской теологии, что и сделало ее в глазах брахманов удачной и эффективной альтернативой буддизму.
Впрочем, только в XII веке, когда буддизм в Индии (прежде всего на территории современного штата Бихар и в Бенгалии) доживал свои последние дни, брахманистская мысль созрела до теоретического реванша, которым стала новая логическая школа навья-ньяя («новая ньяя»), основанная Гангешей. Однако, утратив такого мощного философского оппонента, каким был буддизм, брахманы не востребовали в полной мере могучую аналитику школы Гангеши, которая, по меткому выражению одного индолога, превратилась в великолепную мельницу, в которой нечего было толочь.
Поздняя йогачара полностью господствовала в монастырских университетских центрах Индии VIII–XII веков, откуда она и попала в Тибет, где стала основой монастырского образования: именно с нее (прамана – дисциплина, посвященная логике, учению об источниках познания и критериях правильного знания) начиналось философское образование (цанид) в Стране Снегов. Но в Китае (и вообще на Дальнем Востоке) поздняя йогачара осталась практически неизвестной (ее открытие там относится во многом уже к XX веку, когда она обратила на себя внимание крупного философа так называемого постконфуцианского направления Сюн Шили).
Поздние йогачарины фактически отказались от концепции алая-виджняны, сочтя ее неким надэмпирическим метафизическим допущением, принятие которого противоречило их установке на радикальный эмпиризм. Однако они расширили объем понятия «васана», активно используя его в своей философии. Например, такой васаной, конвенциональной «стародавней привычкой», с точки зрения поздних йогачаринов, является язык.