Первые контакты русских (и коми) с энцами имели место, вероятно, ещё с середины XVI века, когда русские промысловики и землепроходцы осваивали северный путь с Печоры на низовья Енисея. Форпостами их на энецких землях стали городки Мангазея в низовьях р. Таз (в 1600 г. здесь уже строятся деревянные укрепления) и Туруханск в устье р. Турухан (левый приток Нижнего Енисея, городок построен в 1609 г.). Название Мангазея
происходит от нен. moŋganzi — ненецкого названия энецкого рода Муггади, эн. mogadʹi (< эн. moga «лес» — ср. нен. moŋga «низина в излучине реки», откуда нен. moŋganzi < ПСам. *moŋkå «лесистая местность, лес») — это свидетельствует о присутствии в низовьях Таза не только энцев, но и ненцев уже в середине XVI века. В первые десятилетия XVII века тундровые энцы вносили ясак в Мангазее и потому назывались в русских документах мангазейской самоядью, а лесные энцы — в Туруханске (туруханская самоядь). С 1620 года они фигурируют уже под упомянутыми выше названиями — хантайские и худосейские самоеды (встречается также название тазовская самоядь — для части лесных энцев и др.). Эти имена образованы от названий рек и / или зимовий, в которые вносила ясак та или иная группа.Таким образом, территория расселения энцев в начале XVII века (данные Б. О. Долгих) была довольно обширна и охватывала бассейны рек Таза в его нижнем и среднем течении (включая хотя бы отчасти его правый приток реку Худосей) и Турухана на юге (лесные энцы). На севере тундровые энцы жили, по-видимому, вплоть до Енисейской губы, причём отчасти — и на правобережье Енисея (в районе устьев рек Курейки и Нижней Тунгуски). На юге их соседями были селькупы (нарымские
и сургутские остяки, остяко-самоеды) и кеты (инбацкие, енисейские остяки), на востоке и юго-востоке — эвенки (тунгусы), на западе — лесные ненцы (казымские самоеды), на северо-западе — тундровые ненцы (низовые, обдорские самоеды, юраки), на северо-востоке — нганасаны (пясидская самоядь, тавгийцы).Общая численность энцев в начале XVII века (оценка Б. О. Долгих) несколько превышала 3 тыс. человек, то есть это был довольно-таки крупный по масштабам севера Западной Сибири народ. В 1630—1631 годах вследствие эпидемии оспы численность энцев значительно сократилась, по-видимому, вымерли целые роды. Вторая половина XVII века и XVIII век были периодом непрерывных военных столкновений и вытеснения энцев с большей части их исконных территорий вследствие сдвигов населения, вызванных русской колонизацией Западной Сибири (см. разделы о хантах, ненцах, селькупах). С юга в бассейны рек Таз и Турухан продвинулись селькупы, вытесненные хантами из Сургутского Приобья, с запада в зоне тундры освоившие кочевое крупнотабунное оленеводство ненцы (юраки
) постепенно захватывают территории от Обской Губы до Енисея, с юго-востока энцам приходится сдерживать давление кетов и эвенков.Несмотря на стойкое сопротивление, в большинстве случаев энцы проигрывали в войнах: например, временный успех вождя энецкого рода Муггади
по имени Ледерей в 1649—1653 годах в борьбе с селькупами на р. Таз закончился в 1654 году гибелью его и мужчин его стойбища и пленением женщин и детей; к концу XVII века селькупы уже закрепились в бассейне верхнего и среднего Таза. По-видимому, поражения энцев в этих столкновениях объяснялись помимо численного превосходства их соседей также тем, что последние обладали более прогрессивной военной организацией и техникой (прежде всего — селькупы, имевшие опыт войн с хантами и сибирскими татарами). Третьей причиной победы пришельцев были более прогрессивные экономические уклады, прежде всего — крупнотабунное кочевое оленеводство ненцев. У энцев же сохранялась старая система хозяйства (см. раздел о ненцах), основанная на охоте (главный объект — дикий северный олень) и рыболовстве при вспомогательном значении оленеводства — и связанные с ней формы социальной организации, более архаичные способы ведения войны и т. д.