Обрисовав в общих чертах ту угрозу, которую представляло для христианской мысли Просвещение, настало время исследовать ее влияние на конкретные доктринальные вопросы. Рациональная религия Просвещения вступила в противоречие с шестью главными пунктами традиционного христианского богословия.
1. Возможность чудес
Традиционная христианская апологетика, касающаяся личности и значения Иисуса Христа, основана на "свидетельствах о чудесах", содержащихся в Новом Завете, кульминацией которых является воскресение. Упор на механической упорядоченности вселенной, возможно, наиболее значительное интеллектуальное наследие Исаака Ньютона, породил сомнения в новозаветных рассказах о чудесах. Многие считали, что произведение Дэвида Юма "Очерк о чудесах" (1748) доказывает очевидную невозможность чудес. Юм подчеркивал, что отсутствуют современные аналогии новозаветных чудес, таких как воскресение, и читателю остается лишь полностью полагаться на человеческое свидетельство об этих чудесах. Для Юма представлялось аксиомой, что никакой человеческий рассказ не может служить доказательством реальности чуда в отсутствие современных аналогий. Реймарус и Г. Э. Лессинг считали, что человеческого свидетельства о прошлых событиях (например о воскресении) недостаточно для подтверждения их достоверности, если они противоречат нашему опыту, как бы хорошо ни было документировано это событие.
А Дидро заявлял, что, даже если все население Парижа будет убеждать его в том, что мертвый человек воскрес, он не поверит ни слову. Этот растущий скептицизм в отношении "свидетельств о чудесах" в Новом Завете заставил традиционное христианство отстаивать доктрину о Божественности Христа на основаниях, не связанных с чудесами — это единственное, что в то время оно могло сделать. Следует отметить, что и другие религии, претендующие на чудеса, подвергались такой же скептической критике: христианству было уделено особое внимание лишь из‑за того, что оно оказалось преобладающей религией той культурной среды, в которой развивалось Просвещение.
2. Понятие откровения
Концепция откровения имеет центральное значение для всего христианского богословия. В то время как многие христианские богословы (такие как Фома Аквинский и Жан Кальвин) признавали возможность естественного познания Бога, они настаивали на том, что такое познание должно быть дополнено сверхъестественным божественным откровением, таким, о каком свидетельствует Священное Писание. Эпоха Просвещения стала свидетелем развития критического отношения к самой идее о сверхъестественном откровении. Частично, это новое отношение было вызвано недооценкой истории в ту эпоху.
С точки зрения Лессинга, существует "огромная отвратительная пропасть" между историей и разумом. Откровение имело место в истории — однако какую ценность имеют случайные истины истории в сравнении с необходимыми истинами разума? Французские "философы" особенно утверждали, что история может, в лучшем случае, подтвердить истины разума, однако, она не в состоянии самостоятельно утверждать эти истины. Истины о Боге считались вневременными и доступными исследованию человеческим разумом, тем не менее, они не могут быть открыты в "событиях", таких как история Иисуса Назарейского.
3. Доктрина о первородном грехе
Мысль о том, что человеческая природа в каком‑то смысле запятнана или испорчена, выраженная в доктрине о первородном грехе, встретила яростное сопротивление со стороны мыслителей Просвещения. Вольтер и Жан — Жак Руссо критиковали эту доктрину как порождающую пессимизм в отношении человеческих способностей, препятствуя, таким образом, социально — политическому развитию человечества и поощряя настроения в духе "laissez‑fairre". Мыслители немецкого просвещения критиковали доктрину на том основании, что своими историческими корнями она уходит в богословскую мысль Августина Гиппонийского, то есть относится к четвертому или пятому векам, что, с их точки зрения, лишает ее непреходящей значимости.
Отрицание первородного греха имело большое значение, поскольку христианская доктрина искупления основывается на предположении, что человечество нуждается в освобождении от уз первородного греха. С точки зрения мыслителей Просвещения, именно идея первородного греха представляется тем гнетом, от которого нужно освободить человечество. Это интеллектуальное освобождение достигается критикой этой доктрины.
4. Проблема зла