По мере того, как расширялись интеллектуальные интересы Оригена, в его школе устанавливалась атмосфера широты взглядов и взаимного уважения между христианами и язычниками. Вот как вспоминает об этом «интеллектуальном рае» выпускник александрийского огласительного училища св. Григорий Чудотворец (епископ неокесарийский):
... Нам ничего не было запрещено, ничто не было от нас сокрыто. Мы пользовались возможностью узнать всякое слово, варварское и эллинское, тайное и явное, божественное и человеческое, кочуя от одного к другому совершенно свободно и исследуя их, пользуясь плодами всего и наслаждаясь богатствами души; было ли это некое древнее учение об истине, или же его можно назвать как-то иначе, - мы погружались в него, полные чудесных видений, будучи снабжены прекрасной подготовкой и умением. Одним словом, это поистине был наш рай...
В 212 году Ориген отправился с визитом в Рим, где познакомился и подружился с будущим римским епископом Ипполитом. В 215 году он посетил Аравию (нынешнюю Трансиорданию), а оттуда поехал в Антиохию по приглашению матери императора Септимия Севера Юлии Маммеи. В 216 году, во время гонения Каракаллы. Ориген нашел убежище в Палестине. Преданные ему епископы иерусалимский и кесарийский дали Оригену возможность продолжать преподавательскую деятельность, и он устроил в Кесарии «Александрию в миниатюре», а также занимался изъяснением св. Писания перед собраниями верующих в церквах. Здесь произошло первое столкновение Оригена с церковной иерархией: александрийский епископ Димитрий, недовольный тем, что мирянин учит в церкви, отозвал его обратно в Александрию.
В 231 году Ориген отправился в Грецию и, проезжая через Палестину, принял в Кесарии рукоположение в священники от местных епископов. Рассерженный Димитрий александрийский официально (на двух местных соборах) опротестовал это рукоположение и отлучил Оригена от Церкви на том основании, что, во первых, он, будучи мирянином, проповедовал в присутствии епископов и что, во-вторых, скопец не может быть священником. В 232 году, после смерти Димитрия, Ориген вернулся в Александрию, где был снова отлучен преемником Димитрия. На этот раз Ориген окончательно переехал в Палестину, где многие епископы были его бывшими учениками. Он продолжал свою ученую и преподавательскую деятельность и приобрел такой авторитет, что каждое его слово записывалось стенографами.
Во время Декиева гонения Ориген находился в Тире. Он был арестован, и у Евсевия мы находим описание его пыток:
Но какие и сколько мучений перенес в это гонение Ориген, чем они кончились, когда лукавый демон выводил, против него попеременно всю свою силу, восставал на него со всеми возможными ухищрениями и нападал гораздо более, чем на прочих тогдашних подвижников, - какие и сколько уз и телесных истязаний претерпел он за слово Христово, как страдал в углу темницы от железных на шее цепей и как его ноги в продолжении многих дней были растянуты до четвертой степени на деревянном орудии казни, - с каким мужеством вынес он также угрозы быть сожженным и все другое со стороны своих врагов, - чем все это кончилось, когда судья сильно настаивал, чтобы его никак не лишать жизни, и сколько после того написал он полезнейших сочинений для людей, имевших нужду в утешении, - о всем этом подробно и верно сказано в весьма многих его посланиях.