Другой случай произошел в 401 году, когда в Константинополе появились пятьдесят египетских монахов, которых Феофил Александрийский отлучил от Церкви по обвинению в оригенизме. Иоанн принял монахов и, побеседовав с ними, решил, что ничего опасного они не говорят, в Христа веруют, а обвинение в ереси вряд ли серьезно, ибо монахи оказались неграмотными. Но Златоуст этим не ограничился, а попросил императора пригласить Феофила в Константинополь для объяснений. Тут уж Феофил рассердился ― с какой это стати он должен давать отчет в своем поведении своему конкуренту, константинопольскому епископу? На этом история не кончилась, ибо Феофил пожаловался на Иоанна своему другу, святому Епифанию Кипрскому. Этот Епифаний был первым в истории коллекционером ересей. У него была шкатулка под названием «панарион», где хранился список всех известных ему ересей. Узнав от Феофила о новой «ереси» ― поддержке оригенизма, Епифаний, несмотря на свой преклонный возраст (ему было тогда почти сто лет), прибыл в Константинополь и представил Златоусту свои обвинения. Златоуст настолько не принял этого всерьез, что отказался даже принять Епифания. Но в это время в столицу приехал и Феофил, и тут начались настоящие неприятности. Будучи тонким политиком, Феофил быстро разобрался в обстановке и понял, что у Иоанна множество врагов. Ему удалось убедить императора Аркадия в необходимости устранить константинопольского епископа, и в 403 году Феофил собрал собор, о котором нам известно из подробного описания в «Библиотеке» Фотия. Собор состоялся на предоставленной императором вилле под названием «Под дубом» в окрестностях Константинополя, отчего он остался в истории как «собор под дубом». Собравшееся духовенство, включая пятьдесят епископов, специально приехавших из Египта, единодушно осудило Иоанна Златоуста, к которому все они были заведомо нерасположены.
Против Златоуста выступили два обвинителя: его собственный бывший диакон Иоанн и епископ Исаак. В «Библиотеке» представлены отдельно обвинения каждого из них: это не что иное, как собрание сплетен, многие из которых совершенно смехотворного характера. Диакон Иоанн обвинял Златоуста в его, Иоанна, незаконном преследовании за то, что он ударил одного из слуг. Далее некий монах по имени Иоанн был избит и закован в кандалы вместе с «бесноватыми». Также Златоуст обвинялся в распродаже священных сосудов и мрамора, предназначенного для отделки церкви. Вполне возможно, что так оно и было и что Златоуст употребил деньги на помощь бедным. Говорилось также, что Златоуст оскорблял духовенство, называя их людьми без чести, распущенными и никчемными ничтожествами. И это вполне возможно ― и не без оснований ― имело место. Далее Златоуст якобы сказал, что «епископ Епифаний ― сумасшедший; организовал заговор против епископа Севериана, настроив против него высшее духовенство Константинополя; написал клеветническую книгу против духовенства; созвал заседание клириков и обвинил трех диаконов ― Акакия, Евграфа и Иоанна ― в том, что они спрятали его одежду с целью «употребить на Бог знает что»; избрал епископом Антонина, о котором якобы было известно, что он «ограбил гробницу». И так далее в таком же духе, всего 29 пунктов. Очевидно, обвинения были либо откровенной клеветой, либо извращением действительного положения дел. Обвинения епископа Исаака были подобного же рода, и в них особенно подчеркивались сношения с оригенистами (См. «Библиотека» Фотия, гл. 59).
Сам Златоуст на соборе не присутствовал, трижды отклонив приглашение явиться. После третьей неявки он был смещен in absentia и выслан из Константинополя. Это вызвало негодование некоторых епископов и простого народа, который был на стороне Златоуста. В столице начались уличные волнения. Во избежание беспорядков он решил добровольно подчиниться распоряжениям собора и отправился в место своей ссылки, в Вифинию, неподалеку от Константинополя. Феофил Александрийский не замедлил взять церковные дела в свои руки и начал восстанавливать смещенное при Златоусте духовенство. Но тут произошло непредвиденное событие, изменившее ход дела.