Они посвятили меня, ― писал он, ― в свои чудовищные и абсурдные верования, описывать которые унизительно для человека, обладающего хоть каким-то интеллектом или хоть малейшей каплей здравого смысла, ― верования, являющиеся следствием ошибочных убеждений и пылкого воображения. Они сообщили мне об удивительном разлучении и воссоединении разума и души, о связи души с демоном, о различии между красным и белым светом, о разумных входах и выходах, производимых ноздрями при дыхании, о заслонах вокруг пупа и, наконец, о видении душой нашего Господа, каковое видение осязаемым образом и в полной сердечной уверенности происходит внутри пупа.
В этом описании трудно распознать, имеем ли мы дело с невежественным искажением методов Никифора Исихаста или псевдо-Симеона или же с сатирой самого Варлаама. Как бы то ни было, Варлаам принял свои открытия всерьез и отождествил монахов-исихастов с мессалианами или же богомилами-еретиками, наводнявшими тогда Балканские страны.
Последовавшая полемика между Варлаамом и Паламой сводилась к вопросу о богопознании, христианской антропологии и духовной жизни. Замечательно, что в этой полемике обе стороны ссылались на авторитет все того же псевдо-Дионисия.
В ответ на выпады Варлаама Григорий написал три трактата «В защиту священно-безмолвствующих», то есть исихастов. Это были первые три из девяти трактатов, посвященных этой теме и составлявших три триады, ― в традиции Дионисия. В полемическом пылу Варлаам обозвал исихастов όμφαλόψυχαι
В 1339 году Варлаам был послан к папе римскому в Авиньон для очередных переговоров о соединении Церквей и для запроса о крестовом походе против турок. Папа требовал сначала соединения, а лишь потом обещал послать войско. Варлаам просил посылки войска в обмен на обещание соединения. Тогда же он написал трактат, в котором излагалась его программа соединения Церквей. Программа состояла в том, что, поскольку об исхождении Святого Духа никому ничего неизвестно, следует выкинуть Filioque из Символа веры, а рассуждения на эту тему оставить на совести богословов ― пусть думают, кому как нравится. Папа отверг программу Варлаама, сказав, что римская Церковь уже решила вопрос об исхождении Святого Духа от Сына и что от греков требуется одно: признать это решение. Варлаам уехал домой в Константинополь с пустыми руками, не добившись ни войска, ни церковного единства. В Константинополе он столкнулся с оппозицией монахов, которые тоже отрицали, что вопрос о Святой Троице можно решить по-варлаамовски, то есть простой ссылкой на «незнание» Бога.
Тут можно заметить, что современная западная культура характеризуется такой же «варлаамовской» мыслью. Отвергая понятие причастия божественной жизни, доступного всем людям во Христе, христианский Запад в основном трактует христианскую веру как зависящую от внешнего авторитета, что хорошо понял еще А. С. Хомяков. Протестанты утверждают (или во всяком случае утверждали) формальный авторитет буквы Писания. Реакцией на такой подход было установление незыблемого папского авторитета. Обе стороны в равной степени чужды восточному опыту, основанному на опыте самой Церкви, доступном всем ее членам и только ограждаемом, а не создаваемом авторитетом Писания, епископов и соборов.
В результате спора Варлаам опубликовал свой последний трактат ― «Против мессалиан», а Григорий ― свои три триады в защиту исихастов. В 1340 году Палама уезжает из Салоник на Афон, где вместе со своими друзьями и единомышленниками составляет «Святогорский Томос». Этот документ в поддержку Паламы против Варлаама был подписан всеми афонскими игуменами на нескольких языках.
В конце концов спор был представлен на рассмотрение собора, который состоялся в Константинополе в 1341 году и осудил Варлаама (10 июня). Варлаам немедленно покаялся и принес свои сожаления, которые, однако, вряд ли были искренними, ибо в тот же вечер он отплыл в Италию, где вскоре был рукоположен в епископы папой римским. Не найдя применения своим богословским талантам, он впоследствии преподавал греческий язык великому Петрарке.