Дальнейшее научное развитие исагогических вопросов вызвано было появлением, распространением, полемикой и научным усилением рационалистической критики в конце XVII-гo и начале XVIII-гo вв. Начало ей положено было философскими идеями англо-французского деизма, отвергавшего Божественное Откровение, миропромышление, сверхъестественное происхождение и авторитет Библии. Эти идеи были применены к критике Библии и ее авторитета философами: Спинозой и Гоббесом:
В ответ на эти взгляды и соображения издано было Карпцовием обширное Введение с ученым серьезным разбором их и защитой церковного взгляда на канон и его историю и богодухновенного авторитета ветхозаветных книг, каждой в отдельности.
Но указанными сочинениями споры и ученые исагогические труды не закончились, а лишь начались. Свободные взгляды Спинозы и Гоббеса применил к чисто-исагогическим и вообще библейским вопросам Землер:
По его пути пошел Ейхгорн, первый составивший все Общее и Частное Введение в рационалистическом направлении, признавший ветхозаветные книги не богодухновенным писанием, а лишь «памятниками седой древности и отдаленной Азии», испытавшими на себе общую с древними обычными памятниками печальную судьбу. Это «остатки и обгоревшие головни древней национальной еврейской библиотеки», уцелевшие «случайно» от вавилонского пожара. А потому всякий критик свободно может восстановлять их объем текст, содержание, и пр.
Его взгляды повторили Бауер, Августа и Бертольд, с небольшими пополнениями, сокращениями и изменениями.
Это направление, вытекавшее более из догматических, нежели из научных исторических дат и основоположений, было последними подтверждаемо, обосновываемо и до последнего скепсиса доведено Де Ветте и его последним издателем Шрадером:
Но рационалистическая критика всегда встречала себе дружный и серьезный разбор у представителей ортодоксального направления, а потому, под влиянием доводов ученых последнего направления, принуждена была смягчать свои резкие суждения и поспешные выводы. Так, еще против Ейхгорна было написано Введение Михаелисом:
Эти ученые, в большинстве, соглашаясь с Ейхгорном и Де Ветте в неподлинности ветхозаветных книг, неутвержденности канона, порче текста, и прочих тезисах, признавали и авторитет ветхозаветных книг, значительную их сохранность, целость, и т. п. тезисы древнего богословия.