Подобно книге Екклезиаст, о Песни Песней возникали споры по вопросу о каноническом достоинстве.
Так, среди иудеев находились глупцы, распевавшие отрывки этой книги на свадебных и других обычных пирушках, как песни светского вольного характера. Их защищали недальновидные богословы, находившие эту книгу недостойной помещения в канон и видевшие в ней лишь собрание эротических песней. Против них резко восстал авторитетный в еврействе раввин Акиба и высказал мысль: «стояние всего мира недостойно того дня, в который явилась Песнь Песней; все агиографы святы, а Песнь Песней есть святое святых» (Iadaim. 8, 5). Несмотря и на последующие сомнения некоторых иудеев в аллегорически-священном, а не в эротическом смысле Песни Песней, иудеи верные синагоге всегда признавали эту книгу каноническою и даже «первою» из агиографов — писаний (Wogue. Hist. d. 1. Bible. 58 р.). В христианстве Феодор Мопсуетский не находил в Песни Песней ни исторического (как в книгах Царств), ни пророческого, ни морального, канонически-богодухновенного авторитета и даже признавал librum turpem. Были, по свидетельству Филастрия, и другие еретики, не признававшие Песнь Песней богодухновенным писанием, а лишь признававшие в ней «описание человеческих дел и страстей» (Filastr. Наеr. 135. Migne. 12. 1267). Еретическое мнение Феодора Мопсуетского и его единомышленников было осуждено Православной Церковью на пятом Вселенском соборе. А бл. Феодорит написал, в защиту авторитета Песни Песней, против «своего учителя» (т. е. Феодора Мопс.), каноническое аллегорическое объяснение всей книги, в коем замечает, что «блаженные отцы включали эту книгу в число святых писаний, многие из древних объясняли ее, а кто последовательно не объяснил, те прославляли и восхваляли ее учение. Не только Евсевий Палестинский и Ориген Египетский, и мученик Киприан Карфагенский и старейшие сих и ближайшие к апостолам мужи, но и жившие после них, каковы: Василий Великий, Григорий Нисский, друг Василия (Григорий Богослов), защитник истины Диодор (Тарсийский) и Иоанн (Златоуст)… и одним словом все согласно с ними признают эту книгу духовною…» (πνευματικόν. Предисл. к Объясн. Песни Песней). Согласно, действительно, свидетельству Феодорита, Православная Церковь всегда признавала Песнь Песней канонической книгой, почему во всех апостольских (85 пр. апост.), соборных (60 пр. лаодик.; 39 пр. карф.; 2 пр. трульск.) и отеческих (39 посл. Афанасия; 4 Оглас. поуч. Кирилла Иерусалимского, Григория Богослова, Иоанна Дамаскина) исчислениях канонически-богодухновенных писаний эта книга всегда помещалась [264]. — Очевидно, как Акибу и позднейших иудейских богословов иудейские глумления, так отцов Церкви и соборы не смущали еретические мнения, а утвердившееся аллегорическое понимание книги, сохраненное до нашего времени в творениях Григория Нисского и Феодорита, освобождало Песнь Песней от всяких нареканий и фривольных объяснений и соблазнов. В последующее время среди христиан также появлялось не мало толкований в духе Феодора Мопсуетского. Так, Кастеллий высказал мысль об исключении Песни Песней из канона, Клерик проводил романическое объяснение. Вслед за ними в протестантской литературе появилось многое множество таких же толкований книги. Но все эти толкования [265] никогда не влияли на высших лиц, ни католической церкви, ни протестантских общин, и среди последних никогда не возникал вопрос об исключении Песни Песней из канона. Она остается и в католической церкви и в протестантских общинах неизменной частью канона. В Православной греко-восточной Церкви нового времени не появлялись указанные еретические толкования и вопрос о каноничности никогда не возникал.В Новом Завете цитаты из этой книги находят в Еф 5:22–29, где апостол уподобляет новозаветную Церковь обрученной Христу деве (ср. Песн 1:4), и в Апокалипсисе (19:7, 9), где украшения Христовой невесты
— Церкви очень близко напоминают украшения Суламиты (Песн 1:9–10; 7:2–6).