В связи с тем, что большинство средних училищ (кроме ВВС) были административно переведены в высшие, конкурс при поступлении в академию заметно упал. Так, в сентябре 1966 г. академия была вынуждена зачислить 42 офицера, не прошедших по конкурсу в другие академии, и все же на 26 офицеров не укомплектовала очные факультеты. Главнокомандующим РВСН было принято решение (от 1.01.1967) о наборе в военные ВУЗы абитуриентов — выпускников средней (среднетехнической) школы.
Теперь в ней готовились офицерские кадры с высшим военным образованием со сроком обучения 2 года и с высшим военно-специальным образованием (срок обучения для офицеров, имеющих доакадемическое среднее военное образование, и курсантов, не имевших доакадемического военного образования — 4 года 10 мес.). Академия стала двухуровневым военным учебным заведением.
В октябре 1967 года в академии создан научно-вычислительный отдел (вычислительный центр) академии.
В сентябре 1968 года из кафедры специального снаряжения выделилась в отдельную кафедру предметно-методическая группа по средствам обнаружения и местоопределения ядерного взрыва.
В мае 1969 года командный факультет произвёл первый выпуск ракетчиков. Девять из них впоследствии стали генералами, в том числе генерал армии Ю.А. Яшин, генерал-полковник Ю.И. Плотников, генерал-лейтенант Р.В. Маркитан.
6 октября 1969 года начальником академии назначен кандидат военных наук лауреат Государственной премии генерал-лейтенант Ф. П. Тонких.
С сентября 1971 года сразу на трёх курсах началась подготовка военных специалистов по программированию.
8 апреля 1972 года приказом Министра обороны СССР академии присвоено наименование «Военная орденов Ленина, Октябрьской Революции и Суворова академия имени Ф. Э. Дзержинского».
В 1974 году академия впервые приступила к подготовке инженерных кадров с высшим военным образованием на инженерных факультетах.
В 1976 г. академия приступила к подготовке офицерских кадров ВВО методом заочного обучения,
В сентябре 1977 года сформирована новая кафедра — военной педагогики и психологии.
5 ноября 1977 года в связи с 60-летием Великого Октября, отмечая успехи в подготовке кадров, академии вручено переходящее Красное Знамя.
В 1978 году созданы две новые кафедры: боевого применения и эксплуатации радиотехнических систем и космических комплексов и боевого применения и эксплуатации специального вооружения.
Академия в 1981 г., последней из себе подобных, вынуждена была прекратить обучение курсантов (всего с 1972–1981 гг. выпущено более 3000 лейтенантов). Начался новый этап истории академии. Был сделан ряд не очень удачных попыток улучшить положение дел с подготовкой инженерных кадров.
25 августа 1984 года радиотехнический факультет (№ 3) переименован в факультет автоматизированных систем боевого управления и связи.
В ноябре 1985 года начальником академии назначен генерал-полковник Н.Н. Котловцев.
Весной 1986 года в академии была создана кафедра истории военного искусства.
В августе 1987 года введена специальность подготовки офицеров с высшим военным образованием инженерного профиля «Защита ядерного оружия, ядерных боеприпасов и автоматизированных средств управления от несанкционированных действий».
В 1987–1988 гг. модернизируется учебный комплекс ЗУЦ. Академия получила учебную ракету, машину обеспечения боевого дежурства, машину геодезического обеспечения, стенд проверки систем электроснабжения комплекса.
1 марта 1988 года начата подготовка инспекторов и лиц, сопровождения американских инспекционных групп на территории СССР, ГДР и ЧССР в соответствии с Договором между СССР и США о ликвидации их РСД — РМД. За год подготовили 810 специалистов.
В августе 1988 года произведён первый набор курсантов с 6-летним сроком подготовки инженеров-исследователей.
В ноябре 1988 года начальником академии назначен генерал-лейтенант Ю.И. Плотников.
10 ноября 1988 года академические курсы преобразованы в факультет переподготовки и повышения квалификации офицерского состава.
5 июня 1990 года образована кафедра войскового и оперативного тыла.
Указом Президента России от 25 августа 1997 года академия в целях возрождения исторических традиций российской армии, учитывая исключительные заслуги Петра I в создании регулярной армии, переименована в Военную академию Ракетных войск стратегического назначения имени Петра Великого.
В 2008 году на правах обособленных формирований (фактически — филиалы) в рамках реформы военного образования по распоряжению Правительства РФ в состав академии вошли Серпуховский военный институт ракетных войск и Ростовский военный институт ракетных войск имени Главного маршала артиллерии М. И. Неделина.
В 2015 году академия передислоцирована в город Балашиху Московской области с целью развития существующей и перспективной инфраструктуры.
Академия четырежды удостоена высоких государственных наград.
В 1938 году «за большие заслуги в деле подготовки командиров и инженеров-артиллеристов» награждена