В этих обстоятельствах президент решился на крайний шаг. 21 сентября он огласил указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе». Указ прекращал полномочия Верховного совета и съезда народных депутатов и назначал на 12 декабря выборы в новый законодательный орган — Государственную думу. В ночь на 24 сентября открылся X Чрезвычайный съезд народных депутатов РФ. Съезд полностью одобрил политическую линию Верховного совета. Вокруг Белого дома, где заседал съезд, на котором окончательно восторжествовали реставраторские — «красно-коричневые» элементы, стали группироваться вооруженные отряды экстремистов — Русского национального единства, Союза офицеров, казаков, военизированных отрядов авантюристов, получивших боевой опыт в молдавско-приднестровском конфликте. В ночь на 24 сентября вооруженные сторонники Верховного совета во главе с лидером Союза офицеров Тереховым совершили неудачный налет на штаб Объединенных вооруженных сил СНГ. Конфликт перешел в кровопролитие.
28 сентября здание Верховного совета было блокировано милицией. Предпринимались попытки примирить противоборствующие стороны. Председатель Конституционного суда Валерий Зорькин предложил «нулевой вариант» — одновременные перевыборы всех ветвей власти. Ельцин предложил собственный «нулевой вариант» (перевыборы президента через полгода после перевыборов парламента). Однако председатель Верховного совета Хасбулатов и вице-президент Руцкой заявили об отказе от каких-либо компромиссов с Ельциным и призвали ко всеобщей забастовке.
Примирить противников попытался патриарх Алексий II, попросивший дирекцию Третьяковской галереи выдать ему для молебна о примирении древнейшую икону Владимирской богоматери (после богослужения на сыром октябрьском воздухе у иконы XII века началось отслоение красочного слоя). Однако переговоры, проходившие 1–2 октября, потерпели крах, и 3 октября сторонники парламента приступили к насильственному свержению «антинародного режима». По призыву Александра Руцкого и генерала Альберта Макашова, их вооруженные сторонники прорвали милицейские кордоны, захватили близстоящее здание московской мэрии. Колонна грузовиков под коммунистическими кумачовыми и черно-желто-белыми монархическими знаменами, выкрикивая «Долой тель-авидение», двинулась на захват телецентра в Останкино. Взять телецентр, охраняемый спецназом, осаждавшим не удалось, но в результате перестрелки, завязавшейся при попытке штурма, погибло несколько десятков человек, в том числе случайных прохожих.
Телеканалы один за другим прекращали работу. В Кремле, куда вечером из загородной резиденции на вертолете возвратился президент, царила, по воспоминаниям Егора Гайдара, «атмосфера последнего заседания Временного правительства». На улице безраздельно господствовали «красно-коричневые». Войска не желали принимать участие в подавлении мятежа, имевшего вид народного восстания. Группа «Альфа» штурмовать Белый дом решительно отказалась. И тогда Егор Гайдар призвал своих сторонников выйти к зданию Моссовета на Тверской «для зашиты демократии». Уже к ночи там собралось до 15 тысяч человек. Эта безоружная интеллигентная толпа разительно отличалась видом и настроем от бесчинствующих сторонников Руцкого и Макашова. И только при виде такого явного контраста войска склонились на сторону президента. Глубокой ночью 4 октября Борис Ельцин лично приехал в Министерство обороны, где Виктор Черномырдин проводил чрезвычайное заседание Кабинета министров.
Министр обороны Павел Грачев лишь после долгих колебаний отдал приказ о применении танков, потребовав письменного распоряжения Верховного главнокомандующего.
С семи утра начался танковый обстрел Белого дома. К вечеру порядок в столице был восстановлен. По неполным официальным данным, погибли 150 человек. Всенародно избранный Верховный совет, ставший «угрозой демократии», был ликвидирован. Лидеры «демократов» утверждали, что «с фашизмом покончено», а гражданская война пресечена в зародыше, парализовавшее страну двоевластие закончилось. Предстоящие в декабре парламентские выборы и утверждение новой конституции, устанавливавшей четкое разделение властей, должны были убрать последние помехи на пути рыночных реформ и становления политической демократии.
Выборы, однако, преподнесли властям неприятный сюрприз. По партийным спискам, на основании которых избиралась половина депутатов Государственной думы — нижней палаты нового российского парламента, выиграла Либерально-демократическая партия демагога-скомороха Владимира Жириновского (23 % голосов против 16 % у пропрезидентского «Выбора России» и 12 % у КПРФ). По случаю ожидавшегося триумфа гайдаровского «Выбора России» в Кремле было устроено грандиозное шоу. «Встреча нового политического года» транслировалась в прямом эфире. Торжество было испорчено: гости разбежались, сникшие ведущие едва дотянули программу до конца в полупустом зале. Один из участников — Юрий Карякин бросил прямо в микрофон: «Россия, ты одурела!»