«Ничего серьезного с нами заключать не хотели, только требовали князю своему царского титула и возврата земли Инфлянтской». В апреле 1601 года Лев Сапега вернулся домой.
Польша вела войну за шведскую корону. Войска Короны шли в Прибалтику по землям Великого княжества Литовского, которые разорялись почти как во время ведения военных действий. Увещевания поляков не помогали, пришлось приводить войска княжества в боевую готовность и в январе 1603 года на Всеобщем Сейме в Слониме ультимативно потребовать от Польской Короны наказания преступников, грабивших население, а также материальной компенсации для ограбленных жителей».
Великий канцлер Лев Сапега не поддержал Лжедмитрия в его походе на Москву. На сейме 1605 года он осудил попытки переворота претендента на царский трон. Сторонник унии Речи Посполитой и Московского царства и не мог поступить иначе. Лев Иванович заявил, что король и великий князь не отвечает за действия самозванца, а Речь Посполитая сохраняет перемирие с Московским царством. Перемирие, впрочем, продолжалось не двадцать лет. Историк Анатолий Грицкевич писал:
«Лев Сапега обращал большое внимание на события в соседней Московской державе, особенно после убийства в мае 1606 года в Москве Лжедмитрия I. В 1607 году Лев Сапега пришел к выводу, что войны с Россией не избежать. В августе 1607 года с его согласия двоюродный брат Л. Сапеги Ян Петр Сапега поступил на службу Лжедмитрия II. Уже на сейме 1609 года Лев Сапега решительно выступил за вступление в войну с Россией, так как «никогда Речь Посполитая лучшей оказии для расширения границ не имела».
Весной 1609 года войска Сигизмунда III и Лев Сапега с тысячей воинов собственной хоругви пошли на Смоленск. Несмотря на то, что в Московском царстве было двоевластие – в Кремле сидел Василий Шуйский, а в Тушино – Лжедмитрий II, – Смоленск с ходу взять не удалось, город держался полтора года.
Лев Сапега возглавлял не только государственную канцелярию Великого княжества Литовского, но и походную канцелярию короля Сигизмунда III. И. Саверченко писал: