Известно, что, как позже чистосердечно признавался сам К. Бонхеффер, он не занял решительную позицию против политики нацификации немецких университетов, начатой вскоре после прихода к власти нацистской партии (согласно этой политике сначала весь руководящий состав университетов вплоть до заведующих кафедрами, а затем постепенно и профессорско-преподавательский состав заменялись членами НСДАП вне зависимости от их научных заслуг и того, кто занимал эти должности до них; неблагонадежные преподаватели, в первую очередь евреи, увольнялись, «патриотизировались» программы преподавания и др.) [Lifton, 1988]. В этой связи неудивительно, что в полном соответствии с объявленной нацистами программой «нацификации» вузов после выхода К. Бонхеффера на пенсию в 1938 г. его место заведующего отделением неврологии и психиатрии в университетской клинике «Шарите» и заведующего кафедрой психиатрии и неврологии в Берлинском университете занял еще более активный нацист Максимилиан де Кринис (1889–1945). Это произошло вопреки воле декана, ученого совета медицинского факультета Берлинского университета и руководства клиники «Шарите» и вопреки мнению самого К. Бонхеффера, который считал М. де Криниса «выскочкой», поднявшимся благодаря своей политической активности, а не научным или клиническим способностям [Str"ohle et al., 2008]. М. де Кринис был не только членом НСДАП, но и участником элитной штурмовой группы, предназначенной для защиты нацистского режима и карательных операций, так называемой СС («
К. Бонхеффер раскаялся в своих прежних нацистских взглядах и активно участвовал в послевоенной организации психиатрии в Западном Берлине [Str"ohle et al., 2008]. В 1948 г. он стал почетным членом АПА [Str"ohle et al., 2008]. Его лекции не отличались блеском (он не был хорошим оратором), однако всегда были тщательно подготовлены, содержательны и качественны [Meyer, 2000]. Он был очень плодовитым ученым и опубликовал 166 печатных работ [Meyer, 2000]. После своего отречения от нацизма К. Бонхеффер политически позиционировал себя как правого либерала, называя себя ученым с «христианско-демократическим мировоззрением» [Neum"arker, 1990], и действительно выступал с либеральных политических позиций [Gerrens, 1996].
Участие К. Бонхеффера в разработке и практическом внедрении программы принудительной стерилизации психически больных и его борьба в защиту своих еврейских коллег и учеников от репрессий до сих пор являются предметом острых этических и политических дискуссий в Германии, приводя к противоречивым оценкам его личности. Действительно, эти два направления находятся на противоположных полюсах, характеризующих его деятельность в период нацистского режима [Gerrens, 2001]. Важно, однако, другое. Введенные К. Бонхеффером в научный оборот идеи, термины и понятия (например, отделение симптоматических, органических и экзогенных психозов от эндогенных по клиническим признакам – на основании синдромального психопатологического анализа или идея об этиологической неоднородности и определенной нозологической неспецифичности ряда психопатологических синдромов, да и сам предмет общей психопатологии) сохранили свое значение до сих пор. Идеи К. Бонхеффера в их современном, несколько измененном виде отражены и в системах классификации психических болезней, таких как МКБ-10 или DSM – IV, которые тоже основаны на синдромальном, а не на нозологическом принципе и тоже отделяют экзогенные, симптоматические и органические психические заболевания от эндогенных, правда, используют при этом вместо терминов «синдром Бонхеффера» или «тип реакции Бонхеффера» более современные термины [Str"ohle et al., 2008]. Как и его сын, теолог и антифашист Дитрих Бонхеффер, К. Бонхеффер категорически отвергал идею эвтаназии в германской медицине, в том числе эвтаназию психически больных, продвигавшуюся нацистами. По религиозным убеждениям, будучи христианином, он также отвергал предложения о добровольной эвтаназии для неизлечимых больных (например, с онкологическими заболеваниями), неоднократно выдвигавшуюся позже, уже в демократической ФРГ [Neum"arker, 2007].
Через шесть месяцев после своего 80-го дня рождения и через год после того, как он отпраздновал со своей женой «золотую свадьбу», К. Бонхеффер умер от инсульта. Случилось это 4 декабря 1948 г. Спустя несколько лет, 1 февраля 1951 г., рядом с ним была похоронена его жена Пола [Meyer, 2000].