Для того чтобы спасти своих больных от насильственной стерилизации, О. Бумке неоднократно изменял им тяжелые диагнозы, такие как МДП или шизофрения, на более легкие, порой переписывая или подделывая их медицинскую документацию и истории болезни [Shevell, 1996]. А в 1936 г. он писал в своем «Руководстве по абортам и стерилизации по медицинским показаниям» о том, что психические заболевания у матери или отца сами по себе не являются показанием для прерывания беременности и что не существует никаких медицинских причин для аборта в случае психического заболевания у одного из родителей [Hippius et al., 2008]. Ученый считал, что принудительной стерилизации могут подвергаться только пациенты с наследственным слабоумием и при «антисоциальных психо-патоподобных расстройствах» [Burleigh, 1944]. Еще в начале 1920-х годов, задолго до прихода нацистов к власти, О. Бумке высказывался против расовой гигиены и евгенических теорий, а в 1930 г. он запретил переводить пациентов из его клиники в лечебницу к психиатру, известному своими нацистскими взглядами, Эрнсту Рудину, для его «родословно-антропологических исследований» [Hippius et al., 2008].
Известно также, что О. Бумке проигнорировал нацистский закон, запрещавший оказывать какую-либо медицинскую помощь больным с шизофренией и другими тяжелыми психическими заболеваниями (они должны были быть «предоставлены сами себе»), в частности применять у них инсулинокоматозную, электросудорожную терапию. Несмотря на его собственный скептицизм по отношению к этим методам терапии, в клинике О. Бумке продолжали лечить больных этими методами вопреки нацистским запретам [Hippius et al., 2008]. В своих мемуарах О. Бумке писал, что осенью 1940 г. он впервые узнал о тайно проводившейся нацистами программе эвтаназии психически больных. После этого он немедленно связался с председателем «Немецкого общества здоровья», которого знал лично, и высказал ему свое мнение о категорической недопустимости подобных мер. Однако его протест ни к чему не привел [Mauz, 1959]. Когда же О. Бумке увидел, что его возражения не имеют действия, он пришел к выводу об отсутствии другой возможности спасти жизнь своим пациентам, кроме умалчивания или сокрытия их истинных диагнозов, что он и делал, порой рискуя собственной жизнью [Mauz, 1959].
Тем не менее сохранились данные и о том, что О. Бумке открыто не высказывался против нацистской идеологии. Именно в связи с этим, а также с учетом его известности и влияния в немецкой психиатрии нацисты не только не осмелились принять к нему карательные меры, но даже назначали его на высокие посты в немецкой военной психиатрии [Zeidman, 2011]. Так, с 1940 г. он был психиатром-консультантом в VII военном округе в Южной Баварии (штаб-квартира этого военного округа располагалась как раз в Мюнхене), а в августе 1942 г. был назначен чрезвычайным членом Академического совета Военно-медицинской службы Германии, причем это назначение было произведено лично Адольфом Гитлером. С 1944 г. О. Бумке возглавил Научно-консультативный совет имени Карла Брандта (нацистское медицинское общество). Существовавшее мнение о том, будто О. Бумке был личным врачом А. Гитлера, оказалось легендой. Однако в своей автобиографии («Воспоминания и размышления») ученый описывал ум нацистского лидера как «удивительно проницательный».
О. Бумке оставался директором Мюнхенской университетской психиатрической клиники и заведующим кафедрой психиатрии Мюнхенского университета и в период Второй мировой войны – вплоть до декабря 1945 г., когда союзниками он был отстранен от этих должностей. Согласно одной из версий это случилось в связи с тем, что Мюнхенский университет был причастен к разработке и выполнению нацистской программы эвтаназии психически больных, по этому до окончания разбирательства О. Бумке по умолчанию считали также причастным [Koehler, Stahnisch, 2014]. По другой версии отставка О. Бумке в декабре 1945 г., возможно, была связана с тем, что его брат Эрвин Бумке, как мы уже упоминали, был председателем Верховного суда Германии с 1929 г. и сохранял этот пост при нацистах [Schimmelpenning, 1993]. Есть данные о том, что еще в 1933 г., сразу после прихода к власти нацистов, Э. Бумке приезжал к брату в Мюнхен посоветоваться. Известно также, что О. Бумке и в 1933 г., и позже неоднократно уговаривал своего брата отказаться от должности председателя Верховного суда и уйти в отставку, чтобы не быть причастным к преступлениям нацистов. Однако Эрвин не пожелал услышать эти аргументы. Как с горечью писал О. Бумке в 1945 г., имея в виду то, что на него падает тень и от брата, и от нацистской программы эвтаназии, к которой был причастен Мюнхенский университет, «…теперь, в конце моей жизни, меня сравнивают с таким же убийцей, каким был Гиммлер…» В своих воспоминаниях он категорически отрицал свою причастность к нацистам и их преступлениям и подчеркивал, что никогда не был членом НСДАП и не разделял нацистскую идеологию [Schimmelpenning, 1993].